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Madagascar (programas informáticos)

Madagascar es un paquete de software para análisis de datos multidimensionales y experimentos computacionales reproducibles .

La tecnología desarrollada mediante el sistema de gestión de proyectos de Madagascar se transfiere en forma de historiales de procesamiento registrados, que se convierten en "recetas computacionales" que los usuarios del sistema pueden verificar, intercambiar y modificar.

Características

El entorno de Madagascar se compone de:

  1. Programas independientes para análisis de datos fuera del núcleo;
  2. Programas independientes para el procesamiento de datos geofísicos y la obtención de imágenes;
  3. Un kit de desarrollo para C, C++, Java, Fortran-77, Fortran-90, Python, Matlab y Octave;
  4. Un marco para experimentos numéricos reproducibles, basado en SCons ;
  5. Un marco para publicaciones científicas, basado en SCons y LaTeX ;
  6. Una colección de artículos científicos reproducibles que también se utilizan como ejemplos de uso y pruebas de regresión para los programas independientes;
  7. Una colección de conjuntos de datos utilizados como entrada para experimentos numéricos reproducibles.

Ejemplo de script

A continuación se muestra un ejemplo de archivo SConstruct [1]

Desde  rsf.proj  importar  *Obtener ( 'wz.35.H' , 'wz' )Flujo ( 'viento' , 'wz.35.H' , 'dd form=native | ventana n1=400 j1=2 | suave rect1=3' ) Trama ( 'viento' , 'pow pow1=2 | gris' )Flujo ( 'mudo' , 'viento' , 'murmullo v0=0.31 mitad=n' ) Trama ( 'mudo' , 'pow pow1=2 | gris' )Resultado ( 'dinamarca' , 'wind mute' , 'SideBySideAniso' )Fin ()

Tenga en cuenta que SConstruct por sí solo no realiza ninguna tarea más que establecer reglas para crear diferentes objetivos. Los objetivos se crean cuando se ejecuta scons en la línea de comandos. [2] La ejecución de scons produce

bash$consscons: Leyendo archivos SConscript...scons: terminó de leer los archivos SConscript.scons: Construyendo objetivos...recuperar(["wz.35.H"], [])< wz.35.H /RSF/bin/sfdd formulario=nativo | /RSF/bin/sfventana n1=400 j1=2 | /RSF/bin/sfsmooth rect1=3 > viento.rsf< viento.rsf /RSF/bin/sfpow pow1=2 | /RSF/bin/sfgrey > viento.vpl< viento.rsf /RSF/bin/sfmutter v0=0.31 mitad=n > mute.rsf< mute.rsf /RSF/bin/sfpow pow1=2 | /RSF/bin/sfgrey > mute.vpl/RSF/bin/vppen yscale=2 vpstyle=n gridnum=2,1 viento.vpl mute.vpl > Fig./dinamarca.vplscons: terminado de construir objetivos.

Licencia

Madagascar es software libre y está licenciado bajo la GPL .

Historia

Madagascar se presentó públicamente por primera vez en el taller de la EAGE en Viena en junio de 2006. El trabajo sobre el paquete (anteriormente llamado RSF) fue iniciado por Sergey Fomel en 2003. Desde entonces, muchas personas han contribuido a él. [3]

Aunque se escribió en su mayor parte desde cero, Madagascar toma prestadas ideas del diseño de SEPlib, un paquete de código abierto mantenido por Bob Clapp en el Stanford Exploration Project (SEP). Generaciones de estudiantes e investigadores del SEP contribuyeron a SEPlib. Las contribuciones más importantes provinieron de Rob Clayton, Jon Claerbout , Dave Hale, Stew Levin, Rick Ottolini, Joe Dellinger, Steve Cole, Dave Nichols, Martin Karrenbach, Biondo Biondi y Bob Clapp.

Madagascar también toma prestadas ideas de Seismic Unix (SU), un paquete mantenido por John Stockwell en el Centro de Fenómenos Ondulatorios (CWP) en la Escuela de Minas de Colorado (Stockwell, 1997; [4] Stockwell, 1999 [5] ). Los principales contribuyentes a SU incluyeron a Einar Kjartansson, Shuki Ronen, Jack Cohen, Chris Liner, Dave Hale y John Stockwell. SU adoptó una licencia de estilo BSD de código abierto a partir de la versión 40 (10 de abril de 2007).

Véase también

Referencias

  1. ^ ejemplo de bei/sg/denmark https://github.com/ahay/src/blob/master/book/bei/sg/denmark/SConstruct
  2. ^ S. Fomel y G. Hennenfent, 2007, Experimentos computacionales reproducibles usando SCons: 32ª Conferencia Internacional sobre Acústica, Habla y Procesamiento de Señales (ICASSP), IV/1257-1260.
  3. ^ Archivo AUTHORS.txt https://github.com/ahay/src/blob/master/AUTHORS.txt
  4. ^ Stockwell, JW, 1997, Software libre en educación: Un estudio de caso de CWP/SU: Seismic Unix: The Leading Edge, 16 , 1045--1049.
  5. ^ --------, 1999, El paquete CWP/SU: Seismic Un*x: Computadoras y Geociencias, 25 , 415--419.

Enlaces externos