MUMmer es un sistema de software bioinformático para alineación de secuencias . Se basa en la estructura de datos del árbol de sufijos . Se ha utilizado para comparar diferentes conjuntos de genomas entre sí, lo que permite a los científicos determinar cómo ha cambiado un genoma. El acrónimo "MUMmer" proviene de "Maximal Unique Matches", o MUM.
Los algoritmos originales del paquete de software MUMMER fueron diseñados por Art Delcher, Simon Kasif y Steven Salzberg. Mummer fue el primer sistema de comparación de genoma completo desarrollado en bioinformática. Originalmente se aplicó a la comparación de dos cepas de bacterias relacionadas.
El software MUMmer es de código abierto . El mantenimiento del sistema lo realizan principalmente Steven Salzberg y Arthur Delcher del Centro de Biología Computacional de la Universidad Johns Hopkins .
MUMmer es un sistema bioinformático muy citado en la literatura científica. Según Google Scholar, a principios de 2013 el artículo original de MUMmer (Delcher et al., 1999) [1] ha sido citado 691 veces; el artículo MUMmer 2 (Delcher et al., 2002) [2] ha sido citado 455 veces; y el artículo de MUMmer 3.0 (Kurtz et al., 2004) [3] ha sido citado 903 veces.
Mummer es un algoritmo rápido utilizado para la alineación rápida de genomas completos. El algoritmo MUMmer es relativamente nuevo y tiene 4 versiones.
MUMmer1 o simplemente MUMmer consta de tres partes, la primera parte consiste en la creación de árboles de sufijos (para obtener MUM), la segunda parte en la subsecuencia creciente más larga o las subsecuencias comunes más largas (para ordenar MUM), y por último cualquier alineación para cerrar espacios.
Las interrupciones entre la alineación de las MUM se conocen como brechas. Otros algoritmos de alineación llenan estos vacíos. Las brechas se clasifican en las siguientes cuatro clases: [4]
Este algoritmo fue rediseñado para requerir menos memoria y aumentar la velocidad y precisión. También permite una mayor alineación de los genomas.
La mejora fue la cantidad almacenada en los árboles de sufijos empleando el creado por Kurtz.
Según Stefan Kurtz y sus compañeros de equipo, “la mejora técnica más significativa en MUMmer 3.0 es una reescritura completa del código del árbol de sufijos, basado en la representación compacta del árbol de sufijos de” [5] el árbol descrito en el artículo “Reducción de el requisito de espacio de los árboles de sufijos”. [6]
Según Guillaume y su equipo, hay algunas mejoras adicionales en la implementación y también innovación con el paralelismo de consultas. "MUMmer4 ahora incluye opciones para guardar y cargar la matriz de sufijos para una referencia determinada". [7] Esto permite que el árbol de sufijos se pueda construir una vez y volver a construirlo después de ejecutarlo desde el árbol de sufijos guardado.
MUMmer tiene software de código abierto y se puede acceder a él en línea.
Existen otros tipos de alineamientos de secuencias: