Información mínima requerida en la anotación de modelos

MIRIAM (Información mínima requerida en la anotación de modelos ^[1] ) es un esfuerzo a nivel comunitario para estandarizar los procesos de anotación y curación de modelos cuantitativos de sistemas biológicos. ^[2] Consiste en un conjunto de pautas adecuadas para su uso con cualquier formato estructurado, permitiendo que diferentes grupos colaboren y compartan los modelos resultantes. El cumplimiento de estas directrices también facilita el intercambio de software e infraestructuras de servicios basadas en actividades de modelado.

La idea de "un conjunto de buenas prácticas" que incluye "algunos metadatos obligatorios" fue propuesta por primera vez por Nicolas Le Novère en octubre de 2004 como parte de un debate para desarrollar una base de datos común de modelos en biología de sistemas (que llevó a la creación de BioModels Database). ). Estas ideas iniciales se refinaron aún más en una reunión celebrada en Heidelberg, durante la ICSB 2004, con representantes de muchos otros grupos interesados.

MIRIAM es un proyecto registrado del MIBBI (información mínima para investigaciones biológicas y biomédicas). ^[3]

Directrices MIRIAM

Las Directrices MIRIAM se componen de tres partes, correspondencia de referencia , anotación de atribución y anotación de recursos externos , cada una de las cuales trata un aspecto diferente de la información que debe incluirse dentro de un modelo.

Correspondencia de referencia

La 'correspondencia de referencia' trata de la información de referencia básica necesaria para hacer uso del modelo, detallando a nivel general el formato del archivo del modelo y su instanciabilidad para fines de simulación.

El archivo del modelo debe estar codificado en un formato público, estandarizado y legible por máquina ( SBML , CellML , GENESIS , ...).
El archivo modelo debe ser válido con respecto a su esquema de codificación.
El modelo debe ir asociado a una descripción o publicación de referencia que detalle su origen, incluso si se trata de un compuesto.
La estructura del modelo codificado debe reflejar los procesos (biológicos) detallados en la descripción de referencia.
El modelo debe ser instanciable; Se deben proporcionar los parámetros cuantitativos necesarios, como las condiciones iniciales, si son necesarios para una simulación.
Cuando se crea una instancia, el modelo debe ser capaz de reproducir resultados representativos tal como se dan en la descripción de referencia, dentro de un épsilon (algoritmos, errores de redondeo).

Anotación de atribución

La 'anotación de atribución' se ocupa de la información de atribución que debe incluirse en el archivo del modelo.

El modelo debe tener un nombre.
El modelo debe incluir una cita de la descripción de referencia que identifique a los autores del modelo.
El modelo debe incluir el nombre y los datos de contacto de los creadores del modelo.
Se debe especificar la fecha y hora de creación del modelo y última modificación. Un historial del modelo es útil pero no obligatorio.
El modelo debe estar vinculado a una declaración precisa sobre sus condiciones de uso y distribución, independientemente de si es de "uso gratuito" o no.

Anotación de recursos externos

La 'anotación de recursos externos' define la manera en que se deben construir las anotaciones. Esas anotaciones contienen referencias a entidades en bases de datos, clasificaciones, ontologías, etc. Uno de los propósitos de la anotación es permitir la identificación inequívoca de los diversos componentes del modelo.

La anotación debe relacionar sin ambigüedades un conocimiento con un constituyente modelo.
La información referenciada debe describirse mediante un triplete {data collection, collection-specific identifier, optional qualifier}:
- La anotación debe expresarse como un Identificador uniforme de recursos (URI).
- El identificador específico de la colección debe analizarse en el marco de la recopilación de datos.
- Se deben utilizar calificadores (opcionales) para refinar el vínculo entre los componentes del modelo y la información referenciada, por ejemplo "has_a", "is_version_of" y "is_homolog_to".

Más información sobre los calificadores existentes está disponible en BioModels.net. ^[4]

Hasta ahora, la anotación es principalmente un trabajo manual, por lo que para garantizar su longevidad es necesario el uso de URI perennes. Se reconoció que la generación de URI válidos y únicos para anotaciones requería la creación de un catálogo de espacios de nombres compartidos para uso de la comunidad. Esta función la proporciona el Registro MIRIAM . El Registro también proporciona una variedad de funciones auxiliares de soporte para permitir procedimientos automatizados basados en estos URI. La capacidad de generar identificadores resolubles se proporciona mediante el uso de la capa de resolución, Identifiers.org .

Ver también

Referencias

^ El artículo original usaba el verbo "solicitado", pero esto ha evolucionado a través del uso comunitario a "requerido" y está en línea con otros estándares de información mínima (MI) disponibles a través del portal MIBBI.
^ Novère, Nicolas Le; Finney, Andrés; Hucka, Michael; Bhalla, Upinder S; Campaña, Fabien; Collado-Vides, Julio; Crampin, Edmund J; Halstead, Matt; et al. (2005). "Información mínima solicitada en la anotación de modelos bioquímicos (MIRIAM)". Biotecnología de la Naturaleza . 23 (12): 1509–15. doi : 10.1038/nbt1156 . hdl : 11858/00-001M-0000-0010-853F-C . PMID 16333295.
^ http://www.mibbi.org/ Información mínima para investigaciones biológicas y biomédicas ^{[ se necesita fuente no primaria ]}
^ "sitio web". Biomodelos.net. 1999-02-22 . Consultado el 9 de octubre de 2012 .