La base de datos de la Red de Ancestros Moleculares (MANET) es una base de datos bioinformática que mapea las relaciones evolutivas de las arquitecturas de proteínas directamente en redes biológicas. [1] Fue desarrollada originalmente por Hee Shin Kim, Jay E. Mittenthal y Gustavo Caetano-Anolles en el Departamento de Ciencias de los Cultivos de la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign . [2]
MANET rastrea, por ejemplo, la ascendencia de enzimas metabólicas individuales en el metabolismo con métodos bioinformáticos, filogenéticos y estadísticos. Actualmente, MANET vincula información en la base de datos de Clasificación estructural de proteínas ( SCOP ), la base de datos de vías metabólicas de la Enciclopedia de Kioto de genes y genomas ( KEGG ) y reconstrucciones filogenéticas que describen la evolución de la arquitectura de los pliegues de proteínas a un nivel universal. [3] La base de datos se ha actualizado para reflejar la evolución del metabolismo a nivel de familias de pliegues de proteínas. [4] MANET literalmente "pinta" las ascendencias de enzimas derivadas de árboles filogenéticos enraizados directamente en más de cien representaciones de vías metabólicas, rindiendo homenaje a uno de los padres del impresionismo . También proporciona numerosas funcionalidades que permiten buscar pliegues de proteínas específicos con valores de ascendencia definidos, mostrar la distribución de enzimas que están pintadas y explorar detalles cuantitativos que describen pliegues de proteínas individuales. Esto permite el estudio de arquitecturas de redes metabólicas globales y locales, y la extracción de patrones evolutivos a niveles globales y locales.
Un análisis estadístico de los datos en MANET mostró, por ejemplo, una distribución irregular de los valores de ascendencia asignados a los pliegues de proteínas en cada subred, lo que indica que la evolución del metabolismo se produjo globalmente mediante el reclutamiento generalizado de enzimas. [2] MANET se utilizó recientemente para ordenar los procesos de reclutamiento enzimático en redes metabólicas y proponer que el metabolismo moderno se originó en la subred metabólica de nucleótidos de purina . [5] La base de datos es útil para el estudio de la evolución metabólica .