Lumbriculus ambiguus fue descrito por Holmquist en 1976, basándose en material recolectado en el norte de Alaska. [1] Al igual que L. genitosetosus , L. ambiguus fue inicialmente incluido en el género Thinodrilus junto con L. inconstans , pero este género no se reconoce en general en la actualidad. Sus caracteres genitales varían mucho entre individuos, pero ciertas características (como la ubicación de las aurículas en el segmento VIII) parecen ser constantes.