Esta página es una subsección de la lista de software de alineación de secuencias .
Las herramientas de visualización de alineación múltiple generalmente cumplen cuatro propósitos:
El resto de este artículo se centra únicamente en los alineamientos globales múltiples de proteínas homólogas. Los dos primeros son una consecuencia natural de que la mayoría de las representaciones de alineamientos y sus anotaciones son ilegibles para los humanos y se representan mejor en el formato familiar de filas de secuencias y columnas de alineamiento, de los cuales hay muchos ejemplos en la literatura. El tercero es necesario porque los algoritmos tanto para el alineamiento de secuencias múltiples como para el alineamiento estructural utilizan heurísticas que no siempre funcionan a la perfección. El cuarto es un gran ejemplo de cómo las herramientas gráficas interactivas permiten a un trabajador involucrado en el análisis de secuencias ejecutar cómodamente una variedad de herramientas computacionales diferentes para explorar las implicaciones filogenéticas de un alineamiento; o para predecir la estructura y las propiedades funcionales de una secuencia específica, por ejemplo, el modelado comparativo.