El número de programas notables de acoplamiento de proteínas y ligandos actualmente disponibles es alto y ha aumentado constantemente durante las últimas décadas. La siguiente lista presenta una descripción general de los programas notables más comunes, enumerados alfabéticamente, con indicación del año de publicación correspondiente, organización o institución involucrada, breve descripción, disponibilidad de un servicio web y la licencia. Esta tabla es completa pero no completa.