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Lista de software de predicción de la estructura del ARN

Esta lista de software de predicción de la estructura del ARN es una compilación de herramientas de software y portales web utilizados para la predicción de la estructura del ARN .

Predicción de estructura secundaria de secuencia única.

Predicción de la estructura terciaria de secuencia única

Métodos comparativos

Los métodos de secuencia única mencionados anteriormente tienen dificultades para detectar una pequeña muestra de estructuras secundarias razonables de un amplio espacio de posibles estructuras. Una buena forma de reducir el tamaño del espacio es utilizar métodos evolutivos. Las estructuras que se han conservado mediante la evolución tienen muchas más probabilidades de ser la forma funcional. Los métodos que se describen a continuación utilizan este enfoque.

Predicción de la accesibilidad del solvente del ARN

Interacciones intermoleculares: ARN-ARN

Muchos ncRNA funcionan uniéndose a otros ARN . Por ejemplo, los miRNA regulan la expresión de genes codificadores de proteínas uniéndose a UTR 3' , los ARN nucleolares pequeños guían las modificaciones postranscripcionales uniéndose a ARNr , el ARN espliceosómico U4 y el ARN espliceosómico U6 se unen entre sí formando parte del espliceosoma y muchos ARN bacterianos pequeños regulan la expresión génica mediante interacciones antisentido, por ejemplo, GcvB , OxyS y RyhB .

Interacciones intermoleculares: MicroARN: cualquier ARN

La siguiente tabla incluye interacciones que no se limitan a UTR.

Interacciones intermoleculares: MicroRNA:UTR

Los microARN regulan la expresión de genes codificadores de proteínas mediante su unión a los UTR 3' ; existen herramientas diseñadas específicamente para predecir estas interacciones. Para una evaluación de los métodos de predicción de objetivos en datos experimentales de alto rendimiento, consulte (Baek et al. , Nature 2008), [125] (Alexiou et al. , Bioinformatics 2009), [126] o (Ritchie et al., Nature Methods 2009) [127].

software de predicción de genes ncRNA

Software de predicción de genes específicos de la familia

Software de búsqueda de homología de ARN

Puntos de referencia

Visores y editores de alineación

Plegamiento inverso, diseño de ARN

Notas

Visores y editores de estructuras secundarias

Véase también

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