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David J. Lipman

David J. Lipman es un biólogo estadounidense que desde 1989 [3] hasta 2017 fue director del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) en los Institutos Nacionales de Salud . [4] [5] NCBI es el hogar de GenBank , [6] el nodo estadounidense del Consorcio Internacional de Bases de Datos de Secuencias , y PubMed , uno de los sitios más utilizados en el mundo para la búsqueda y recuperación de información biomédica. Lipman es uno de los autores originales del programa de alineación de secuencias BLAST y una figura respetada en bioinformática . [7] [8] [9] En 2017, dejó NCBI y se convirtió en Director Científico de Impossible Foods . [10]

Educación

Lipman recibió su título universitario de la Universidad de Brown y su doctorado en medicina en 1980 de la Universidad de Buffalo, la Universidad Estatal de Nueva York [11].

Carrera

Lipman fue el director fundador del Centro Nacional de Información Biotecnológica , parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de los Institutos Nacionales de Salud de EE. UU. Bajo su liderazgo, el NCBI creció de menos de una docena de personas a más de 500 empleados científicos, y ahora alberga cientos de bases de datos científicas y médicas, incluidas GenBank , PubMed , PubMed Central , dbGaP, dbSNP, Sequence Read Archive (SRA), RefSeq, PubChem y muchas más. El programa de investigación interna del NCBI incluía grupos dirigidos por Stephen Altschul (otro coautor de BLAST), David Landsman, Eugene Koonin [12] (un prolífico autor sobre genómica comparativa ) y L. Aravind.

Lipman es muy conocido por su trabajo seminal en una serie de algoritmos de similitud de secuencias, comenzando con el algoritmo Wilbur-Lipman [13] en 1983, la búsqueda FASTA [14] [15] en 1985, BLAST [16] en 1990 y Gapped BLAST y PSI-BLAST [17] en 1997. BLAST eventualmente se convirtió en el programa de alineamiento de secuencias más utilizado y más citado (más de 160.000 citas a partir de 2021) en el campo, y el servidor NCBI BLAST hoy en día es uno de sus recursos más utilizados.

Lipman también trabajó durante muchos años con Dennis A. Benson y otros en el NCBI en el mantenimiento y mejora de GenBank , una de las bases de datos más grandes del mundo de secuencias de genomas y proteínas. GenBank junto con el Archivo Europeo de Nucleótidos y el Banco de Datos de ADN de Japón forman la Colaboración Internacional de Bases de Datos de Secuencias de Nucleótidos (INSDC), una base de datos totalmente abierta y sin restricciones de secuencias de genomas que ha sido el repositorio mundial de dichos datos desde 1990. [18] [19] [20]

Fue uno de los creadores del Proyecto de secuenciación del genoma de la gripe , un proyecto para secuenciar y poner a disposición los genomas de miles de aislados del virus de la gripe. [ cita requerida ]

Fue uno de los firmantes originales de la Declaración de Bethesda sobre Publicaciones de Acceso Abierto . [ cita requerida ]

También es el editor en jefe de una revista científica en línea de acceso abierto y revisada por pares llamada Biology Direct . [21]

En mayo de 2017, Lipman dejó su puesto en el NCBI para unirse a la empresa de carne de origen vegetal Impossible Foods como director científico. [22]

Premios y honores

Lipman recibió el Premio de la Asociación de Instalaciones de Recursos Biomoleculares por sus destacadas contribuciones a las tecnologías biomoleculares en 1996.

En 2000, fue elegido miembro de la Academia Nacional de Medicina . [23]

En 2004, recibió el premio ISCB Senior Scientist Award y fue elegido miembro del ISCB en 2009 por la Sociedad Internacional de Biología Computacional . [1] [24]

En 2005, el Dr. Lipman fue elegido miembro de la Academia Nacional de Ciencias de Estados Unidos . [ cita requerida ]

En 2013, recibió el premio de la Casa Blanca como Campeón del Cambio de la "Ciencia Abierta". [25] [26]

En 2023 fue galardonado con el Premio de la Fundación Warren Alpert . [27]

Referencias

Scholia tiene un perfil de autor para David J. Lipman .
  1. ^ ab Anon (2017). "ISCB Fellows". iscb.org . Sociedad Internacional de Biología Computacional . Archivado desde el original el 20 de marzo de 2017.
  2. ^ "Sentido a partir de secuencias: Stephen F. Altschul sobre cómo mejorar BLAST". 2000. Archivado desde el original el 7 de octubre de 2007.
  3. ^ ab "Instituto de investigación publica datos genéticos en Internet". The New York Times . 26 de junio de 1997.
  4. ^ "David J. Lipman, MD, Director, Centro Nacional de Información Biotecnológica". Archivado desde el original el 26 de septiembre de 2013.
  5. ^ "Acceso abierto ahora | Conversación con David Lipman". Biomedcentral.com . Archivado desde el original el 29 de junio de 2011. Consultado el 2 de julio de 2011 .
  6. ^ Benson, DA; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, DJ; Ostell, J.; Wheeler, DL (2007). "GenBank". Nucleic Acids Research . 36 (número de la base de datos): D25–D30. doi :10.1093/nar/gkm929. PMC 2238942 . PMID  18073190. 
  7. ^ "david lipman – Google Scholar". Scholar.google.com . Consultado el 26 de marzo de 2017 .
  8. ^ Publicaciones de David J. Lipman indexadas por Microsoft Academic [ enlace roto ]
  9. ^ David J. Lipman en el servidor de bibliografía DBLP
  10. ^ "La Biblioteca Nacional de Medicina anuncia la salida del director de la NCBI, el Dr. David Lipman". www.nlm.nih.gov . Consultado el 5 de mayo de 2017 .
  11. ^ "Biografía del Dr. David J. Lipman". nih.gov . Archivado desde el original el 2017-02-11 . Consultado el 2017-02-09 .
  12. ^ Tatusov, RL; Koonin, EV; Lipman, DJ (1997). "Una perspectiva genómica sobre las familias de proteínas". Science . 278 (5338): 631–637. Bibcode :1997Sci...278..631T. doi :10.1126/science.278.5338.631. PMID  9381173.
  13. ^ Wilbur, WJ; Lipman, DJ (1983). "Búsquedas rápidas de similitud en bancos de datos de ácidos nucleicos y proteínas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 80 (3): 726–730. Bibcode :1983PNAS...80..726W. doi : 10.1073/pnas.80.3.726 . PMC 393452 . PMID  6572363. 
  14. ^ Lipman, D.; Pearson, W. (1985). "Búsquedas de similitud de proteínas rápidas y sensibles". Science . 227 (4693): 1435–1441. Bibcode :1985Sci...227.1435L. doi :10.1126/science.2983426. PMID  2983426.
  15. ^ Pearson, WR; Lipman, DJ (1988). "Herramientas mejoradas para la comparación de secuencias biológicas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 85 (8): 2444–2448. Bibcode :1988PNAS...85.2444P. doi : 10.1073/pnas.85.8.2444 . PMC 280013 . PMID  3162770. 
  16. ^ Altschul, Stephen ; Gish, Warren ; Miller, Webb ; Myers, Eugene ; Lipman, David (1990). "Herramienta básica de búsqueda de alineamiento local". Journal of Molecular Biology . 215 (3): 403–410. doi :10.1016/S0022-2836(05)80360-2. PMID  2231712. S2CID  14441902.
  17. ^ Altschul, S .; Madden, TL; Schäffer, AA; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W .; Lipman, DJ (1997). "Gapped BLAST y PSI-BLAST: una nueva generación de programas de búsqueda en bases de datos de proteínas". Nucleic Acids Research . 25 (17): 3389–3402. doi :10.1093/nar/25.17.3389. PMC 146917 . PMID  9254694. 
  18. ^ Benson, DA; Cavanaugh, M.; Clark, K.; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, DJ; Ostell, J.; Sayers, EW (2012). "GenBank". Nucleic Acids Research . 41 (número de la base de datos): D36–D42. doi :10.1093/nar/gks1195. PMC 3531190 . PMID  23193287. 
  19. ^ Benson, DA; Karsch-Mizrachi, I.; Clark, K.; Lipman, DJ; Ostell, J.; Sayers, EW (2011). "GenBank". Nucleic Acids Research . 40 (número de la base de datos): D48–D53. doi :10.1093/nar/gkr1202. PMC 3245039 . PMID  22144687. 
  20. ^ Benson, DA; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, DJ; Ostell, J.; Sayers, EW (2010). "GenBank". Nucleic Acids Research . 39 (número de la base de datos): D32–D37. doi :10.1093/nar/gkq1079. PMC 3013681 . PMID  21071399. 
  21. ^ "Biology Direct | Comité editorial". Archivado desde el original el 30 de septiembre de 2011. Consultado el 28 de octubre de 2011 .
  22. ^ "La Biblioteca Nacional de Medicina anuncia la salida del director de la NCBI, el Dr. David Lipman". www.nlm.nih.gov . Consultado el 4 de mayo de 2017 .
  23. ^ "El Instituto de Medicina elige nuevos miembros".
  24. ^ "ISCB nombra al Dr. David Lipman, ganador del premio a la excelencia científica de 2004. Boletín informativo de ISCB 7-3". Iscb.org . Consultado el 2 de julio de 2011 .
  25. ^ "Ciencia abierta | la Casa Blanca". whitehouse.gov . Archivado desde el original el 21 de enero de 2017 . Consultado el 2 de abril de 2016 – vía Archivos Nacionales .
  26. ^ "El Dr. David Lipman recibe el premio de la Casa Blanca "Ciencia Abierta" Campeones del Cambio en nombre del NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 2 de abril de 2016 .
  27. ^ Premio Fundación Warren Alpert 2023