Línea S3 del sistema S -Bahn Rhein-Main con el número KBS 645.3
El túnel urbano es una línea subterránea puramente S-Bahn utilizada por casi todos los servicios (excepto el servicio S7 que finaliza en la estación central).
El S3 fue uno de los seis primeros servicios del sistema de cercanías Rhein-Main S-Bahn. En una prueba anterior, funcionó entre Frankfurt-Höchst y la estación central de Frankfurt. El servicio se denominó entonces R3, donde la letra "R" significa regional. Después de la inauguración del Frankfurt Citytunnel, el servicio pasó a llamarse S3 y se extendió hasta la nueva estación de metro Hauptwache. En 1983 se ampliaron más el túnel (Konstablerwache) y en 1990 (Ostendstraße y Lokalbahnhof), de modo que la Südbahnhof (estación sur) se convirtió en la terminal oriental del servicio.