LigandScout es un software informático que permite crear modelos de farmacóforos tridimensionales (3D) a partir de datos estructurales de complejos macromolécula - ligando , o de conjuntos de entrenamiento y prueba de moléculas orgánicas. Incorpora una definición completa de características químicas 3D (como donantes de enlaces de hidrógeno, aceptores, áreas lipofílicas, grupos químicos ionizables positiva y negativamente) que describen la interacción de una pequeña molécula orgánica unida ( ligando ) y el sitio de unión circundante de la macromolécula . [1] Estos farmacóforos se pueden superponer utilizando un algoritmo de alineación basado en coincidencia de patrones [2] que se basa únicamente en puntos de características farmacofóricas en lugar de la estructura química. A partir de dicha superposición, se pueden interpolar características compartidas para crear un llamado farmacóforo de característica compartida que comparte todas las interacciones comunes de varios sitios de unión/ligandos o extender para crear un llamado farmacóforo de característica fusionada . El software se ha utilizado con éxito para predecir nuevas estructuras principales en el diseño de fármacos , por ejemplo, para predecir la actividad biológica de nuevos inhibidores de la transcriptasa inversa del virus de la inmunodeficiencia humana ( VIH ) . [3]
Otras herramientas de software que ayudan a modelar farmacóforos incluyen: