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Explorador de ligandos

LigandScout es un software informático que permite crear modelos de farmacóforos tridimensionales (3D) a partir de datos estructurales de complejos macromolécula - ligando , o de conjuntos de entrenamiento y prueba de moléculas orgánicas. Incorpora una definición completa de características químicas 3D (como donantes de enlaces de hidrógeno, aceptores, áreas lipofílicas, grupos químicos ionizables positiva y negativamente) que describen la interacción de una pequeña molécula orgánica unida ( ligando ) y el sitio de unión circundante de la macromolécula . [1] Estos farmacóforos se pueden superponer utilizando un algoritmo de alineación basado en coincidencia de patrones [2] que se basa únicamente en puntos de características farmacofóricas en lugar de la estructura química. A partir de dicha superposición, se pueden interpolar características compartidas para crear un llamado farmacóforo de característica compartida que comparte todas las interacciones comunes de varios sitios de unión/ligandos o extender para crear un llamado farmacóforo de característica fusionada . El software se ha utilizado con éxito para predecir nuevas estructuras principales en el diseño de fármacos , por ejemplo, para predecir la actividad biológica de nuevos inhibidores de la transcriptasa inversa del virus de la inmunodeficiencia humana ( VIH ) . [3]

Herramientas similares

Otras herramientas de software que ayudan a modelar farmacóforos incluyen:

Véase también

Referencias

  1. ^ Wolber G, Langer T (2005). "LigandScout: farmacóforos 3-D derivados de ligandos unidos a proteínas y su uso como filtros de detección virtuales". J Chem Inf Model . 45 (1): 160–169. doi :10.1021/ci049885e. PMID  15667141.
  2. ^ Wolber G, Dornhofer AA, Langer T (2007). "Superposición eficiente de pequeñas moléculas orgánicas utilizando farmacóforos 3D". J Comput Aided Mol Des . 20 (12): 773–788. doi :10.1007/s10822-006-9078-7. PMID  17051340. S2CID  31986330.
  3. ^ Barreca ML, De Luca L, Iraci N, Rao A, Ferro S, Maga G, Chimirri A (2007). "Identificación de nuevos andamiajes químicos basados ​​en la estructura de farmacoforos como inhibidores no nucleósidos de la transcriptasa inversa". J Chem Inf Model . 47 (2): 557–562. doi :10.1021/ci600320q. PMID  17274611.
  4. ^ Entorno operativo molecular
  5. ^ Fase Archivado el 14 de mayo de 2013 en Wayback Machine.
  6. ^ Estudio de descubrimiento
  7. ^ SYBYL-X Archivado el 19 de octubre de 2010 en Wayback Machine.

Lectura adicional