La base legal para el control estatal de las propiedades eclesiásticas por parte del Estado egipcio fue el Decreto otomano Hamayouni de 1856. Este decreto pretendía eliminar la discriminación entre ciudadanos de diferentes etnias y religiones. Entre otras cosas, otorgaba a los cristianos el derecho a construir lugares de culto, exigiéndoles que presentaran una solicitud al sultán.
Después de que Egipto obtuvo su independencia, el viceministro del Interior, Al-Ezabi Pacha, modificó el Decreto Hamayouni en 1934, mediante el Decreto Al-Ezabi. Este decreto comprendía un conjunto de diez condiciones que debían cumplirse antes de presentar cualquier solicitud al Presidente para su aprobación. Estos criterios vagos incluían tener en cuenta las objeciones de los musulmanes locales, la distancia entre la iglesia propuesta y la mezquita más cercana, el número de cristianos en la zona y si la iglesia propuesta estaba o no cerca del Nilo, de un servicio público o de una vía férrea. Los observadores de derechos humanos han declarado que las condiciones del decreto están en contradicción con la Constitución de 1971. La "ampliación" de Al-Ezabi ha servido, en realidad, para impedir que los cristianos y otras minorías religiosas mantengan y construyan lugares de culto.
En lo que respecta a las reparaciones de los edificios eclesiásticos, se han logrado avances en los últimos años, a pesar de las numerosas críticas nacionales e internacionales que suscitó el decreto. En enero de 1998, se introdujo una enmienda que delegaba la autoridad presidencial para expedir permisos para la renovación de iglesias a los 26 gobernadores provinciales del país. El 28 de diciembre de 1999 , el Presidente Mubarak decretó que las reparaciones de las iglesias ya no requerían un permiso presidencial, del gobernador o del ministerio federal. En su lugar, la reparación de todos los lugares de culto debía estar sujeta a un código de construcción civil de 1976, lo que simbólicamente colocaba la reparación de mezquitas e iglesias en pie de igualdad ante la ley.