Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator ( LAMMPS ) es un programa de dinámica molecular de Sandia National Laboratories . [1] LAMMPS utiliza Message Passing Interface (MPI) para comunicación paralela y es un software libre y de código abierto , distribuido bajo los términos de la Licencia Pública General de GNU . [1]
LAMMPS se desarrolló originalmente bajo un Acuerdo de Investigación y Desarrollo Cooperativo entre dos laboratorios del Departamento de Energía de los Estados Unidos y otros tres laboratorios de empresas del sector privado. [1] A partir de 2016 [actualizar], es mantenido y distribuido por investigadores de los Laboratorios Nacionales Sandia y la Universidad de Temple . [1]
Para lograr una mayor eficiencia computacional, LAMMPS utiliza listas de vecinos ( listas de Verlet ) para realizar un seguimiento de las partículas cercanas. Las listas están optimizadas para sistemas con partículas que se repelen a distancias cortas, de modo que la densidad local de partículas nunca crezca demasiado. [2]
En computadoras paralelas, LAMMPS utiliza técnicas de descomposición espacial para dividir el dominio de simulación en pequeños subdominios 3D, uno de los cuales se asigna a cada procesador. Los procesadores se comunican y almacenan información de átomos fantasma para los átomos que bordean su subdominio. LAMMPS es más eficiente (en un sentido de computación paralela) para sistemas cuyas partículas llenan una caja rectangular 3D con una densidad aproximadamente uniforme. LAMMPS admite muchos aceleradores, incluidos GPU ( CUDA , OpenCL, HIP, SYCL), Intel Xeon Phi y OpenMP, debido a su integración con Trilinos .
LAMMPS también permite acoplar dinámica molecular y de espín de manera acelerada. [3]
LAMMPS también está acoplado a muchas herramientas y motores de análisis. [4] [5] [6] LAMMPS también se puede acoplar con calculadoras de energía libre, como PLUMED y Colvar. [7] [8]
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