stringtranslate.com

Korarchaeota

El Korarchaeota es un filo propuesto dentro de Archaea . [3] El nombre se deriva del sustantivo griego koros o kore, que significa joven o mujer joven, y del adjetivo griego archaios que significa antiguo. [4] También se les conoce como Xenarchaeota . El nombre es equivalente a Candidatus Korarchaeota, y también reciben el nombre de Xenarchaeota o Xenarchaea. [5]

Taxonomía

Los Korarchaeota son un filo propuesto en el dominio Archaea . [6] Se cree que divergieron relativamente temprano en la génesis de Archaea y se encuentran entre los linajes de ramificación profunda. [6] Korarchaeota también se conoce como Xenarchaeota. Korarchaeaota, junto con Thaumarchaeota, Aigarchaeota, Crenarchaeota, pertenecen al superfilo denominado TACK. [7] Aún se desconoce el vínculo evolutivo entre Asgard archaea y Korarchaeota de TACK (Thaumarchaeota, Aigarchaeota, Crenarchaeota, Korarchaeota). [7]

El primer miembro de Korarchaeota al que se le reconstruyó el genoma fue Korarchaeum crypotfilum , que se encontró en una fuente termal en el Parque Nacional de Yellowstone y se describió en 2008. [8] Desde entonces, sólo se han descrito unos pocos genomas de Korarchaeal. [9] Para comprobar la presencia de Korarchaeota, se recogieron muestras de una variedad de fuentes termales en Islandia y Kamchatka. Según las muestras y los análisis, las muestras islandesas contenían alrededor de 87 secuencias distintas de ácido nucleico ribosómico 16S, mientras que las muestras de Kamchatka contenían alrededor de 33. [10]

Basado en secuencias de proteínas y análisis filogenético de genes individuales conservados, el Korarchaeote fue identificado como un "linaje arqueal profundo" con una posible relación con el Crenarchaeota. [11] Además, dada la composición genética conocida de las arqueas, los Korarchaeota pueden haber conservado un conjunto de rasgos biológicos que corresponden a la forma de arqueas más antigua conocida. [11]

El análisis de las secuencias del gen 16S rRNA sugiere que son un linaje profundamente ramificado que no pertenece a los principales grupos de arqueas, Thermoproteota y Euryarchaeota . [12] El análisis del genoma de un korarchaeote que se enriqueció a partir de una cultura mixta reveló una serie de características similares a Crenarchaeota y Euryarchaeota y apoya la hipótesis de una ascendencia de ramificación profunda. [13]

Especies

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procarióticos con vigencia en la nomenclatura (LPSN) y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI).

A continuación se enumeran las especies conocidas de Korarcheota [14] Candidatus Korarchaeota

Especies de referencia

Se cultivó una cepa de Korarchaeum cryptofilum a partir de un cultivo de enriquecimiento de una fuente termal en el Parque Nacional de Yellowstone, EE. UU., y se describió en 2008. [13] Las células son largas y con forma de aguja, lo que dio nombre a la especie, en alusión a su "críptica filamentos". Este organismo carece de genes para la biosíntesis de nucleótidos de purina y, por lo tanto, depende de fuentes ambientales para satisfacer sus necesidades de purina. [17]

Características

Korarchaeota es un filo propuesto dentro del dominio Archaea y, por lo tanto, exhibe características como tener una pared celular sin peptidoglicano, así como membranas lipídicas unidas por éter. [18] Tienen una capa superficial de proteína paracristalina. [19] Esta capa superficial, conocida como capa S, está densamente empaquetada y consta de 1 o 2 proteínas que forman varias estructuras reticulares y es muy probable que sea la que mantiene la integridad estructural de las células. [18] [19] Por lo general, tienen forma de varilla; sin embargo, se ha descubierto que esta morfología puede cambiar para tener una forma más gruesa en presencia de concentraciones más altas de dodecilsulfato de sodio (SDS). [20] Las células de Korarchaeota tienen una morfología filamentosa ultrafina que puede variar en longitud. [6] Por lo general, tienen un promedio de 15 μm de longitud y 0,16 μm de diámetro, pero se pueden ver hasta 100 μm de largo. [20] Algunas arqueas pueden fijar dióxido de carbono a través de la vía 3-hidroxipropionato/4-hidroxibutirato en compuestos orgánicos [21]

Ecología

Korarcheota solo se ha encontrado en ambientes hidrotermales que van desde terrestres, incluidas fuentes termales [6] [22] hasta marinos, incluidos respiraderos hidrotermales poco profundos y respiraderos hidrotermales de aguas profundas. [23] Investigaciones anteriores han demostrado una mayor diversidad de Korarchaea encontrada en aguas termales terrestres en comparación con los ambientes marinos. [23] Korarchaeota se ha encontrado en la naturaleza sólo en bajas abundancias. [24] [25] [26] Korarcheota probablemente se originó en ambientes marinos y luego se adaptó a los terrestres. [27]

Geográficamente, Korarcheota se ha encontrado en una variedad de lugares alrededor del mundo, incluidos Japón, el Parque Nacional de Yellowstone, el Golfo de California, Islandia y Rusia. [18] [23]

Los Korarchaeota son termófilos y se les ha encontrado viviendo en condiciones de hasta 128 grados centígrados. [23] La temperatura más baja en la que se han encontrado es de 52 grados Celsius. [18] Si bien se les ha observado con frecuencia viviendo en condiciones ácidas, también se ha encontrado que viven en condiciones de hasta un pH de 10. [28] [23]

Los investigadores han identificado un virus que potencialmente puede infectar a Korarcheota. [29]

Se descubrió que cada una de estas seis fuentes termales (desde arriba a la izquierda, en el sentido de las agujas del reloj: Uzon4, Uzon7, Uzon8, Uzon9, Mut11, Mut13) en Kamchatka contenía Korarchaeota.
Se descubrió que cada una de estas seis fuentes termales (en el sentido de las agujas del reloj desde arriba a la izquierda: Uzon4, Uzon7, Uzon8, Uzon9, Mut11, Mut13) en Kamchatka contenía Korarchaeota. [24]







Ver también

Referencias

  1. ^ Resolver clasificaciones de arqueas generalizadas, incompletas y desiguales basadas en una taxonomía basada en el genoma normalizada por rangos
  2. ^ El enraizamiento del dominio Archaea mediante análisis filogenómico apoya la fundación del Proteoarchaeota del Reino Nuevo
  3. ^ Consulte la página web del NCBI sobre Korarchaeota. Datos extraídos de los "recursos de taxonomía del NCBI". Centro Nacional de Información Biotecnológica . Consultado el 19 de marzo de 2007 .
  4. ^ Elkins JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L, et al. (junio de 2008). "Un genoma korarchaeal revela información sobre la evolución de Archaea". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 105 (23): 8102–8107. Código Bib : 2008PNAS..105.8102E. doi : 10.1073/pnas.0801980105 . PMC 2430366 . PMID  18535141. 
  5. ^ Boone DR, Brenner DJ, Castenholz RW, De Vos P, Garrity GM, Krieg NR, Goodfellow M (2001). Manual de bacteriología sistemática de Bergey (2ª ed.). Nueva York: Springer. ISBN 978-0-387-21609-6. OCLC  619443681.
  6. ^ abcdefg Elkins JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L, et al. (junio de 2008). "Un genoma korarchaeal revela información sobre la evolución de Archaea". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 105 (23): 8102–8107. Código Bib : 2008PNAS..105.8102E. doi : 10.1073/pnas.0801980105 . PMC 2430366 . PMID  18535141. 
  7. ^ ab Liu Y, Li M (junio de 2022). "La inestable posición evolutiva de Korarchaeota y su relación con otras arqueas TACK y Asgard". mVida . 1 (2): 218–222. doi : 10.1002/mlf2.12020 . ISSN  2770-100X. S2CID  249298036.
  8. ^ Miller-Coleman RL, Dodsworth JA, Ross CA, Shock EL, Williams AJ, Hartnett HE, et al. (4 de mayo de 2012). "Diversidad, biogeografía y abundancia de Korarchaeota en las aguas termales de Yellowstone y Great Basin y modelado de nichos ecológicos basado en aprendizaje automático". MÁS UNO . 7 (5): e35964. doi : 10.1371/journal.pone.0035964 . PMC 3344838 . PMID  22574130. 
  9. ^ Barns SM, Delwiche CF, Palmer JD, Pace NR (agosto de 1996). "Perspectivas sobre la diversidad, termofilia y monofilia de arqueas a partir de secuencias de ARNr ambientales". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 93 (17): 9188–9193. Código bibliográfico : 1996PNAS...93.9188B. doi : 10.1073/pnas.93.17.9188 . PMC 38617 . PMID  8799176. 
  10. ^ Reigstad LJ, Jorgensen SL, Schleper C (marzo de 2010). "Diversidad y abundancia de Korarchaeota en aguas termales terrestres de Islandia y Kamchatka". La Revista ISME . 4 (3): 346–356. doi : 10.1038/ismej.2009.126 . PMID  19956276. S2CID  6951841.
  11. ^ ab Elkins JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L, et al. (junio de 2008). "Un genoma korarchaeal revela información sobre la evolución de Archaea". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 105 (23): 8102–8107. Código Bib : 2008PNAS..105.8102E. doi : 10.1073/pnas.0801980105 . PMC 2430366 . PMID  18535141. 
  12. ^ Barns SM, Delwiche CF, Palmer JD, Pace NR (agosto de 1996). "Perspectivas sobre la diversidad, termofilia y monofilia de arqueas a partir de secuencias de ARNr ambientales". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 93 (17): 9188–9193. Código bibliográfico : 1996PNAS...93.9188B. doi : 10.1073/pnas.93.17.9188 . PMC 38617 . PMID  8799176. 
  13. ^ ab Elkins JG, Podar M, Graham DE, Makarova KS, Wolf Y, Randau L, et al. (junio de 2008). "Un genoma korarchaeal revela información sobre la evolución de Archaea". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 105 (23): 8102–8107. Código Bib : 2008PNAS..105.8102E. doi : 10.1073/pnas.0801980105 . PMC 2430366 . PMID  18535141. 
  14. ^ Schoch CL, Ciufo S, Domrachev M, Hotton CL, Kannan S, Khovanskaya R, et al. (enero de 2020). "Taxonomía NCBI: una actualización completa sobre curación, recursos y herramientas". Base de datos . 2020 : baaa062. doi : 10.1093/database/baaa062. PMC 7408187 . PMID  32761142. 
  15. ^ abcdefg Schoch CL, Ciufo S, Domrachev M, Hotton CL, Kannan S, Khovanskaya R, et al. (enero de 2020). "Taxonomía NCBI: una actualización completa sobre curación, recursos y herramientas". Base de datos . 2020 : baaa062. doi : 10.1093/database/baaa062. PMC 7408187 . PMID  32761142. 
  16. ^ ab McKay LJ, Dlakić M, Fields MW, Delmont TO, Eren AM, Jay ZJ, et al. (Abril de 2019). "Capacidad genómica concurrente para metano anaeróbico y metabolismos disimilatorios de azufre descubierta en Korarchaeota". Microbiología de la naturaleza . 4 (4): 614–622. doi :10.1038/s41564-019-0362-4. OSTI  1779059. PMID  30833730. S2CID  256705892.
  17. ^ Brown AM, Hoopes SL, White RH, Sarisky CA (diciembre de 2011). "Biosíntesis de purinas en arqueas: variaciones sobre un tema". Biología Directa . 6 : 63. doi : 10.1186/1745-6150-6-63 . PMC 3261824 . PMID  22168471. 
  18. ^ abcd Miller RL (enero de 2008). "Diversidad, biogeografía y hábitat geoquímico de Korarchaeota en aguas termales continentales". Tesis y disertaciones retrospectivas de la UNLV . doi :10.25669/6h98-vit6.
  19. ^ ab Rodrigues-Oliveira T, Belmok A, Vasconcellos D, Schuster B, Kyaw CM (2017). "Archaeal S-Layers: descripción general y estado actual del arte". Fronteras en Microbiología . 8 : 2597. doi : 10.3389/fmicb.2017.02597 . PMC 5744192 . PMID  29312266. 
  20. ^ ab Elkins JG, Kunin V, Anderson I, Barry K, Goltsman E, Lapidus A, et al. (mayo de 2007). Los Korarchaeota: huérfanos arqueales que representan un linaje de vida ancestral (Reporte). Berkeley, CA (Estados Unidos): Laboratorio Nacional Lawrence Berkeley. (LBNL). doi : 10.2172/960397 . OSTI  960397.
  21. ^ Berg IA, Kockelkorn D, Buckel W, Fuchs G (diciembre de 2007). "Una vía de asimilación autótrofa de dióxido de carbono de 3-hidroxipropionato / 4-hidroxibutirato en Archaea". Ciencia . 318 (5857): 1782–1786. doi : 10.1126/ciencia.1149976. PMID  18079405. S2CID  13218676.
  22. ^ Takai K, Yoshihiko S (1 de febrero de 1999). "Una visión molecular de la diversidad de arqueas en ambientes marinos y terrestres de agua caliente". Ecología Microbiología . 28 (2): 177–188. doi : 10.1111/j.1574-6941.1999.tb00573.x . S2CID  84495991.
  23. ^ abcde Reigstad LJ, Jorgensen SL, Schleper C (marzo de 2010). "Diversidad y abundancia de Korarchaeota en aguas termales terrestres de Islandia y Kamchatka". La Revista ISME . 4 (3): 346–356. doi : 10.1038/ismej.2009.126 . PMID  19956276. S2CID  6951841.
  24. ^ ab Auchtung TA, Shyndriayeva G, Cavanaugh CM (enero de 2011). "Análisis filogenético y cuantificación del ARNr 16S de Korarchaeota autóctono de las aguas termales de Kamchatka, Rusia". Extremófilos . 15 (1): 105-116. doi :10.1007/s00792-010-0340-5. PMID  21153671. S2CID  12091232.
  25. ^ Reigstad LJ, Jorgensen SL, Schleper C (marzo de 2010). "Diversidad y abundancia de Korarchaeota en aguas termales terrestres de Islandia y Kamchatka". La Revista ISME . 4 (3): 346–356. doi : 10.1038/ismej.2009.126 . PMID  19956276.
  26. ^ Auchtung TA (2007). Ecología de la división de arqueas candidatas hidrotermales, Korarchaeota (tesis doctoral). Universidad Harvard.
  27. ^ Miller-Coleman RL, Dodsworth JA, Ross CA, Shock EL, Williams AJ, Hartnett HE, et al. (4 de mayo de 2012). Mormile MR (ed.). "Diversidad, biogeografía y abundancia de Korarchaeota en las aguas termales de Yellowstone y Great Basin y modelado de nichos ecológicos basado en aprendizaje automático". MÁS UNO . 7 (5): e35964. doi : 10.1371/journal.pone.0035964 . PMC 3344838 . PMID  22574130. 
  28. ^ Marteinsson VT, Kristjánsson JK, Kristmannsdóttir H, Dahlkvist M, Saemundsson K, Hannington M, et al. (Febrero de 2001). "Descubrimiento y descripción de conos submarinos gigantes de esmectita en el fondo marino de Eyjafjordur, norte de Islandia, y un nuevo hábitat microbiano térmico". Microbiología Aplicada y Ambiental . 67 (2): 827–833. doi :10.1128/AEM.67.2.827-833.2001. PMC 92654 . PMID  11157250. 
  29. ^ Liu Y, Brandt D, Ishino S, Ishino Y, Koonin EV, Kalinowski J, et al. (junio de 2019). "Nuevos virus de arqueas descubiertos mediante análisis metagenómico de comunidades virales en cultivos de enriquecimiento". Microbiología Ambiental . 21 (6): 2002-2014. doi :10.1111/1462-2920.14479. PMID  30451355. S2CID  53950297.

Otras lecturas