Trabajó como ejecutivo, primero en Apple, luego en SGI, Microsoft y Google.
Su tesis doctoral se publicó en 1988 como una monografía de Kluwer, Automatic Speech Recognition: The Development of the Sphinx Recognition System (ISBN 0898382963 ).
Junto con Alex Waibel, otro investigador de Carnegie Mellon, Lee editó Readings in Speech Recognition (1990,ISBN 1-55860-124-4 ).
En 1998, Lee se mudó a Microsoft y se fue a Beijing, China, donde desempeñó un papel clave en el establecimiento de la división Microsoft Research (MSR) allí.
Más tarde, MSR China se conoció como Microsoft Research Asia, considerado como uno de los mejores laboratorios de investigación en informática del mundo.
En julio de 2005, Lee dejó Microsoft para ocupar un puesto en Google.
Microsoft argumentó que Lee inevitablemente divulgaría información de propiedad exclusiva a Google si se le permitiera trabajar allí.
[23] El 13 de septiembre, luego de una audiencia, el juez González emitió un fallo que permitía a Lee trabajar para Google, pero le prohibía comenzar a trabajar en algunos proyectos técnicos hasta que el caso fuera a juicio en enero de 2006.
A Lee todavía se le permitía contratar empleados para Google en China y hablar con funcionarios del gobierno sobre la concesión de licencias, pero se le prohibió trabajar en tecnologías como la búsqueda o el reconocimiento de voz.
A Lee también se le prohibió establecer presupuestos, salarios e instrucciones de investigación para Google en China hasta que el caso fuera a juicio en enero de 2006.
El fondo Innovation Works ha atraído a varios inversores, incluidos Steve Chen, cofundador de YouTube ; Foxconn, el fabricante por contrato de productos electrónicos; Legend Holdings, la matriz del fabricante de PC Lenovo; y WI Harper Group.