Juan de Zúñiga y Avellaneda, primer duque de Peñaranda de Duero (1551 - 4 de septiembre de 1608) fue un noble español durante los reinados de Felipe II y Felipe III .
Fue Caballero de la Orden Militar de Santiago , VI conde consorte, iure uxoris , de Miranda del Castañar , título otorgado por el rey Enrique IV de Castilla el 9 de febrero de 1457 y I duque de Peñaranda , título otorgado por el rey Felipe III el 22 de mayo de 1608.
En 1583, bajo el reinado de Felipe II, sucedió a Carlo d'Aragona Tagliavia como virrey de Cataluña , cargo que ocupó hasta 1586, cuando fue sucedido por Manrique de Lara y Girón. En 1586, Juan de Zúñiga sucedió a Pedro Girón, I duque de Osuna, como virrey de Nápoles y fue sucedido por Enrique de Guzmán, II conde de Olivares en 1595.
Fue presidente del Consejo de Italia y, entre 1600 y 1606, presidente del Consejo de Castilla , entonces al servicio del rey Felipe III de España.