Juan de Zúñiga y Avellaneda, primer duque de Peñaranda de Duero (1551 - 4 de septiembre de 1608) fue un noble español durante los reinados de Felipe II y Felipe III .
Fue Caballero de la Orden Militar de Santiago , VI conde consorte, iure uxoris , de Miranda del Castañar , título concedido por el rey Enrique IV de Castilla el 9 de febrero de 1457 y I Duque de Peñaranda , título concedido por el rey Felipe III el 22 de mayo de 1608.
En 1583, bajo el rey Felipe II, sucedió a Carlo d'Aragona Tagliavia como virrey de Cataluña , cargo que ocupó hasta 1586 cuando fue sucedido por Manrique de Lara y Girón. En 1586, Juan de Zúñiga sucedió a Pedro Girón, primer duque de Osuna, para convertirse en virrey de Nápoles y fue sucedido por Enrique de Guzmán, segundo conde de Olivares en 1595.
Se desempeñó como Presidente del Consejo de Italia y, en 1600-1606, como Presidente del Consejo de Castilla , para entonces al servicio del rey Felipe III de España.