Juan VI, señor de Werle -Waren-Goldberg (nacido: después de 1341; fallecido: después del 16 de octubre de 1385) fue señor de Werle-Goldberg desde 1382 hasta 1385.
Era hijo de Bernardo II de Werle y de Isabel, hija de Juan III, conde de Holstein-Plön .
Reinó sólo junto con su padre y, tras la muerte de éste en 1382, en solitario, sobre los señoríos de Werle-Goldberg y Werle-Waren. Se casó con Inés, hija de Nicolás IV de Werle-Goldberg . No se sabe cuándo murió. En un documento fechado el 16 de octubre de 1395 se le menciona como vivo. Se sabe que murió antes de 1395.