Juan VI, duque de Mecklemburgo (1439-1474) fue duque de Mecklemburgo .
Juan era el segundo hijo de Enrique IV, duque de Mecklemburgo , y su esposa Dorotea , hija del elector Federico I de Brandeburgo .
Su primer acto oficial documentado (junto con su padre) fue en 1451. En 1464 gobernó un apanage de varios distritos conjuntamente con su hermano Alberto VI , pero no participó activamente en su administración.
En 1472, Juan VI se comprometió con Sofía, hija del duque Erico II de Pomerania. El matrimonio debía celebrarse en 1474. Sin embargo, Juan VI murió antes de que se celebrara. Se desconoce la fecha exacta de su muerte; su última mención se encuentra en un documento fechado el 20 de mayo de 1474.
Su última enfermedad la contrajo durante un viaje a Franconia para visitar a su tío, el elector Alberto III Aquiles de Brandeburgo. En Kulmbach se contagió de la peste y murió. Probablemente fue enterrado en el monasterio de las Clarisas de Hof .