Juan Francisco Peña [peh-nya] (nacido el 27 de junio de 1977) es un ex lanzador abridor de las Grandes Ligas de Béisbol que jugó brevemente para los Medias Rojas de Boston durante la temporada de 1999 . Con un peso de 6 '5 ", 215 libras, bateó y lanzó con la mano derecha .
Peña era un joven lanzador prometedor en la organización de los Medias Rojas cuya carrera en el béisbol se vio acortada luego de sufrir una grave lesión. Logró un récord de 2-0 con efectividad de 0.69 en dos aperturas, permitiendo una carrera, nueve hits y tres bases por bolas mientras ponchaba a 15 en 13 entradas de trabajo.
En los entrenamientos de primavera antes de la temporada 2000, se proyectaba que Peña ocuparía el quinto puesto en la rotación titular. Tuvo marca de 2-2 con efectividad de 1.64 en 16⅔ entradas, pero fue golpeado en el codo por una línea y luego experimentó dolor en el codo durante un calentamiento. Un examen confirmó un desgarro del ligamento colateral medial del codo que requirió cirugía, lo que le hizo perderse la temporada. Para 2002, Peña había regresado a Triple-A, pero tuvo marca de 4-11 con efectividad de 5.33, después de lo cual los Medias Rojas lo dejaron ir. Pasó la temporada 2003 en la organización Toronto Blue Jays , luego pasó dos temporadas lanzando en las ligas independientes y la Liga Mexicana antes de retirarse en 2005 a la edad de 28 años. Ahora reside en el sur de Florida con su novia de casi 2 años.