Juan II de Werdenberg (c. 1430 – 23 de febrero de 1486, Fráncfort del Meno ) fue un noble y clérigo alemán de la casa de Werdenberg . Desde 1469 hasta su muerte fue obispo de Augsburgo .
Fue uno de los dieciséis hijos de Juan IV, conde de Werdenberg-Sargans (fallecido en 1465) y su esposa Isabel de Wurtemberg (1412-1476) , hija de Everardo III, conde de Wurtemberg y nieta de Luis IV, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico . Entre sus hermanos se encontraban Hugo XI de Werdenberg (fallecido en 1508), Enrique XIII de Werdenberg (fallecido en 1505) y Rodolfo X de Werdenberg (fallecido en 1497). Sus hermanas Margarita de Werdenberg (fallecida en 1496) y Ana de Werdenberg (fallecida en 1497) se convirtieron en abadesas de la abadía de Buchau , mientras que otra hermana, Inés de Werdenberg, se casó con Jobst Nicolás I, conde de Hohenzollern .
