Johann Wilhelm, duque de Sajonia-Jena (28 de marzo de 1675 en Jena - 4 de noviembre de 1690 en Jena ), fue un duque de Sajonia-Jena.
Fue el hijo más joven pero único sobreviviente de Bernardo II, duque de Sajonia-Jena y su esposa María Carlota , hija de Enrique de La Trémoille , tercer duque de Thouars, segundo duque de La Trémoille y príncipe de Talmond y Taranto.
Cuando tenía sólo tres años (1678) sucedió a su padre como duque de Sajonia-Jena. [1] De acuerdo con las instrucciones testamentarias de su padre, su tío, el duque Juan Ernesto II de Sajonia-Weimar asumió su tutela y la regencia del ducado; cuando murió en 1683, otro tío, el duque Juan Jorge I de Sajonia-Eisenach , asumió la regencia. Tres años más tarde (1686), el nuevo regente también murió, y su primo (hijo del difunto duque Juan Ernesto II) y cuñado (estaba casado con su hermana mayor y única sobreviviente, Carlota María ) el duque Guillermo Ernesto de Sajonia-Weimar fue designado para la regencia.
Como Juan Guillermo vivió sólo quince años y no llegó a la edad adulta, nunca gobernó. Con su muerte, se extinguió el linaje de los duques de Sajonia-Jena y el ducado quedó dividido entre Sajonia-Weimar y Sajonia-Eisenach .