Juan Buenaventura de Borja y Armendia (n. 1564*, Gandía , Valencia – m. 1628, Santafé de Bogotá ) fue un noble español de la Casa de Borja que ocupó múltiples puestos de poder en todo el Nuevo Reino de Granada . Quizás sea mejor conocido por servir como Presidente de la Real Audiencia de Santa Fe de Bogotá.
Juan Bueanaventura era hijo de Fernando de Borja Aragón y Castro y su esposa, Violante de Armendia. Era nieto del duque de Gandía , san Francisco de Borja , tercer general de la Compañía de Jesús .
Al finalizar sus estudios de licenciatura en artes en la Universidad de Alcalá , se matriculó en la Universidad de Salamanca , donde además cursó la licenciatura en estudios canónicos.
Fue legitimado por el rey Felipe III de España en las Cortes de Valencia el 14 de enero de 1604, con pedigrí hacia la rama militar del reino.
Desempeñó diversas funciones dentro del Nuevo Reino de Granada ; entre ellos se encontraba su papel más famoso como Presidente de la Real Audiencia de Santa Fe de Bogotá, cargo para el que fue nombrado en 1605. Fue elegido séptimo presidente de la Audencia a los 41 años de edad, el 2 de octubre de 1605. Continuó ininterrumpidamente en este cargo hasta su muerte 22 años después.
Durante su mandato realizó diversas campañas contra los indígenas locales de su territorio. La campaña más intensa fue la pacificación del pueblo Pijao , o Federación Pijao , entre 1605 y 1615. Además instaló el Sancta Tribunal de la Inquisición en Cartagena de Indias . Ordenó la creación de un proceso gramatical definido para las lenguas chibchas y extendió la colección de la Alcabala a muchas ciudades donde antes no se aplicaba.
En 1605 creó el Tribunal de Cuentas de Santafé y, en 1620, una real cédula ordenó el establecimiento de una Casa de Moneda para el Nuevo Reino de Granada.
Se le confirió el honor de ser Caballero de la Orden de Santiago por cédula real en la ciudad de Lerma el 22 de mayo de 1610.
Murió en Santafé de Bogotá en 1628 y fue enterrado al pie de la catedral principal de la ciudad . No fue sucedido inmediatamente en su cargo de presidente de la Audiencia. En cambio, el oidor u oyente de Lesmes de Espinosa Saravia tomó el control de los asuntos gubernamentales hasta que finalmente se nombró un nuevo presidente en 1630.
El 3 de septiembre de 1597 contrae matrimonio con Violante Miguel de Heredia y Forcadell. Violante nació en Ulldecoma, Tarragona , y era hija de Jaime Miguel de Heredia y de Beatriz Forcadell. Juan tuvo ocho hijos. [1] Entre ellos estaba Juan de Borja y Miguel, quien en Riobamba formó una familia que luego se convertiría en las prestigiosas familias Borja ecuatorianas y chilenas .