José de Zúñiga (1755–después de 1806) fue un soldado y uno de los primeros colonos de California y Arizona .
Zúñiga nació en 1755 en Cuautitlán , cerca de la Ciudad de México , de padres españoles . Se alistó el 18 de octubre de 1772 como oficial en formación en el ejército de la frontera. Inicialmente sirvió en la frontera de Texas . En 1780 fue ascendido a teniente mientras estaba destinado en el Presidio de San Carlos de Cerro Gordo, en el remoto Big Bend Country.
En 1781, el teniente Zúñiga dirigió sus tropas a la Misión de San Gabriel . Se convirtió en comandante del Presidio de San Diego el 8 de septiembre de 1781 y sirvió en ese puesto durante 12 años, hasta el 19 de octubre de 1793. Mientras estuvo allí, mantuvo relaciones cordiales con sus hombres, los indios, sus superiores y los misioneros. En 1782, Zúñiga construyó un camino desde la bahía de San Diego hasta el presidio.
Ese mismo año también construyó la capilla del Presidio. Fue carpintero, albañil y pintor de la capilla. También ordenó una estatua de la Inmaculada Concepción (que ahora se encuentra en la Misión de San Luis Rey ). En una carta a su madre en la Ciudad de México, describió con orgullo la capilla y envió dinero para comprar "carmín, bermellón y otros materiales de pintura", semillas de jardín y flores, y para enviar cualquier drama que pudiera leer. En 1784, Zúñiga se convirtió en miembro de la tercera orden de franciscanos .
Zúñiga tenía fama de honesto. También se desempeñaba como intendente/pagador y sus libros siempre estaban en orden. Encontró un déficit en los libros por $7000. El intendente/pagador anterior, Rafael Pedro y Gil, fue arrestado y enviado a San Blas, Nayarit .
El 19 de mayo de 1792, Zúñiga fue ascendido a capitán y asignado al Presidio de Tucson , pero tuvo que esperar hasta 1793 hasta que llegó su sucesor en San Diego. Después de un servicio destacado en Monterey , Zúñiga llegó a Tucson en 1794. Zúñiga abrió un camino entre Tucson y los pueblos Zuni en 1795, pero las hostilidades apaches impidieron que esa ruta se volviera muy transitada. Durante 1804-1806, Zúñiga fue el comandante en Tucson. Más tarde sirvió en Arizpe y se retiró como teniente coronel e inspector adjunto de Presidios.
Züñiga tuvo al menos dos hijos. Su hijo Ignacio nació en 1796 en Tucson. Tuvo un hijo anterior nacido en 1783 como resultado de un romance con Teresa Morillo, esposa de un soldado raso, Manuel Nieto.