John Hamilton (c.1547–1611) fue un controvertido escritor católico escocés, rector de la Universidad de París y destacado partidario de la Liga Católica .
Era hijo de Thomas Hamilton de Orchartfield y hermano de Thomas Hamilton, lord Priestfield, padre de Thomas Hamilton, primer conde de Haddington . Partidario de María Estuardo en la guerra civil de Escocia, en 1573 fue a París para enseñar filosofía y fue designado para enseñar filosofía en el Collège de Navarre .
En 1576 fue nombrado tutor del cardenal de Borbón y en 1578 de François de Joyeuse . El 17 de octubre de 1584 fue elegido rector de la universidad de París. Al año siguiente, los estudiantes que formaban la nación alemana lo recomendaron como cura de la parroquia de Saint-Côme. Su título fue objeto de controversia ante el parlamento de París, pero se falló a su favor. Una de las objeciones que se le plantearon fue que no sabía hablar latín ni francés, pero Louis Servin, su abogado, afirmó que estaba dispuesto a demostrar su conocimiento de ambos. En ese momento era sólo un estudiante de teología y no se convirtió en maestro hasta 1586.
Hamilton se convirtió en uno de los miembros más destacados de la Liga Católica, especialmente durante la resistencia a Enrique IV de Francia . Escribió un prefacio, fechado en 'Saint Cosme' el último día de marzo, para 'Remonstrance faicte en l'Assemblée Générale des Colonnels, Cappitaines, Lieutenans & Enseignes de la Ville de Paris', de Monsieur de Saint-Yon, 1590. Cuando Enrique sitió París, Hamilton actuó como ayudante, o sargento de batalla, de los mil trescientos eclesiásticos que el 14 de mayo de 1590 fueron revisados en buen estado. Hamilton fue uno de los representantes de los Dieciséis de París que ofrecieron la corona a Felipe II de España . La sociedad también decretó la muerte de Brissot, presidente del parlamento de París, y de L'Archer y Tardif, dos de los consejeros. Cuando no pudieron encontrar a Tardif, Hamilton lo llevó a la cámara de ejecución.
Cuando Enrique entró en París en 1594, Hamilton fue detenido con una alabarda en la mano cuando estaba a punto de unirse a los que se resistían al rey; pero aunque los otros cabecillas fueron ejecutados, él logró escapar a Bruselas . En su ausencia fue condenado a ser quemado en la rueda por el asesinato de Tardif, y la sentencia se ejecutó en su efigie. Alrededor de 1600, él y el jesuita John Hay regresaron a Escocia en una misión secreta. El 24 de noviembre de 1600, el rey Jacobo VI y el consejo emitieron una proclama contra Hamilton y Hay. El 22 de junio de 1601 se aprobó una ley contra su reinstalación, pero durante varios años no solo lograron eludir la captura, sino incluso celebrar reuniones frecuentes en diferentes partes del país para la celebración de la misa y otros servicios católicos. Su sobrino Thomas Hamilton, primer conde de Haddington , estaba entonces efectivamente a la cabeza de la justicia de Escocia, y Andrew Melville lo acusó en su cara de encubrir a John Hamilton (M'Crie, Life of Melville, 2.ª ed. ii. 146-7). Sin embargo, finalmente fue capturado en 1608, y el 30 de agosto de ese año, Sir Alexander Hay solicitó al teniente de la Torre de Londres que recibiera a dos sacerdotes, Hamilton y Paterson, enviados por el conde de Dunbar . Hamilton murió en prisión.
En 1581 Hamilton publicó en París 'Un tratado católico y sencillo, extraído de las Sagradas Escrituras, expuesto por los antiguos doctores, para confirmar la presencia real y corporal de Cristo en cuerpo y sangre preciosos en el sacramento del altar'. Estaba dedicado a la reina María y se adjuntaban 'veinticuatro conclusiones ortodoxas y católicas' dedicadas a Jacobo VI, que contenían 'ciertas preguntas a las que deseamos que los ministros den una respuesta resuelta en la próxima Asamblea General'. Esta carta fue respondida por William Fowler . Probablemente, como preparación para su regreso a Escocia, publicó en Lovaina en 1600 un tratado fácil que contiene, en primer lugar: una regla infalible para discernir la religión verdadera de la falsa; una declaración de la naturaleza, número, virtud y efectos de los sacramentos; junto con ciertas oraciones de devoción. Dedicado a su soberano príncipe, el rey Majestad de Escocia, el rey Jaime el Sexto. Sea el maestro Ihone Hamilton, doctor en teología en Bruselas. Sus escritos controvertidos contienen extravagantes calumnias contra los reformadores y su comercio con el diablo.