Juana Magdalena de Sajonia-Altenburgo ( Altenburgo , 14 de enero de 1656 - Weißenfels , 22 de enero de 1686 ) fue miembro de la Casa de Wettin . Fue duquesa de Sajonia-Altenburgo por nacimiento y duquesa de Sajonia-Weissenfels -Querfurt por matrimonio.
Juana Magdalena era la única hija del duque Federico Guillermo II de Sajonia-Altenburgo y su esposa Magdalena Sibila de Sajonia , hija del elector Juan Jorge I de Sajonia.
Quedó huérfana a temprana edad cuando sus padres murieron en 1668 y 1669. Rápidamente se convirtió en un peón en manos de su familia. En 1671, sus tíos Juan Jorge II y Mauricio , en cuyas residencias se alojaba con frecuencia, decidieron que por razones dinásticas, se casaría con su primo, el duque Juan Adolfo I de Sajonia-Weissenfels.
En aquella época, este matrimonio era políticamente delicado, porque su hermano mayor, el príncipe heredero Christian de Sajonia-Altenburgo, ya había muerto joven y su hermano menor, Federico Guillermo III , que había sucedido a su padre como duque, todavía estaba bajo la tutela de sus tíos y aún no tenía hijos.
Los dos tíos, miembros de la rama albertina de la Casa de Wettin , especularon que la línea de Altenburgo (parte de la rama ernestina de la Casa) se extinguiría y, a través del matrimonio de Juana Magdalena, Altenburgo pasaría a la línea Weissenfels, que también era parte de la rama albertina. El duque Augusto de Sajonia-Weissenfels estaba a favor de tal herencia. Si los Sajonia-Weisenfels se extinguieran a su vez, entonces sus posesiones pasarían a las otras líneas albertinas, que eran los parientes más cercanos.
El duque Federico Guillermo III murió de viruela, sólo seis meses después de que Juana Magdalena se casara. Las líneas rivales Albertina y Ernestina de la Casa de Wettin reclamaron la herencia. Después de largas discusiones, prevalecieron dos duques ernestinos: Ernesto I de Sajonia-Gotha y Juan Ernesto II de Sajonia-Weimar. Argumentaron con éxito que sus matrimonios dinásticos con la línea de Sajonia-Altenburgo en la década de 1630 les otorgaban los derechos más antiguos.
Juana Magdalena había sido educada por los teólogos Johann Stiel y Johann Christfried Sagittarius (1617-1689). Era piadosa y mostraba un gran interés por los asuntos eclesiásticos del ducado. En privado, estudiaba con frecuencia la Biblia y escribía numerosos comentarios en los márgenes. Creó libros de oración, recopilaciones de proverbios y escritos didácticos y los entregó a familiares y miembros de la corte. Donó túnicas bordadas en oro a la iglesia del castillo y más tarde un cáliz y una caja de hostias de oro. En 1681, donó una pila bautismal de plata a la iglesia de Santa María en Weißenfels. Cuando murió en 1686, se acuñaron monedas conmemorativas y se repartieron en su funeral.
Murió el 22 de enero de 1686, a la edad de 30 años, y fue enterrada en un resplandeciente ataúd de peltre en la iglesia del castillo de Neu-Augustenburg. Fue muy querida en su país y se preocupó por las necesidades sociales de sus súbditos. Durante toda su vida hizo donaciones regulares a los habitantes pobres de Weissenfels y les dejó algo de dinero en su testamento.
Se casó el 25 de octubre de 1671 en Altenburg con Juan Adolfo I , hijo del duque Augusto de Sajonia-Weissenfels de su matrimonio con Ana María de Mecklemburgo-Schwerin . Tuvieron once hijos: