Johann Wilhelm, duque de Sajonia-Jena (28 de marzo de 1675 en Jena - 4 de noviembre de 1690 en Jena ), fue duque de Sajonia-Jena.
Era el hijo menor pero único superviviente de Bernardo II, duque de Sajonia-Jena, con su esposa María Carlota , hija de Enrique de La Trémoille , tercer duque de Thouars, segundo duque de La Trémoille y príncipe de Talmond y Taranto.
Cuando sólo tenía tres años (1678) sucedió a su padre como duque de Sajonia-Jena. [1] De acuerdo con las instrucciones testamentarias de su padre, su tío, el duque Johann Ernst II de Sajonia-Weimar, asumió su tutela y la regencia del ducado; cuando murió en 1683, otro tío, el duque Juan Jorge I de Sajonia-Eisenach , asumió la regencia. Tres años más tarde (1686), también murió el nuevo regente, y su primo (hijo del difunto duque Johann Ernst II) y cuñado (estaba casado con su hermana mayor y única superviviente, Charlotte Marie ), el duque Wilhelm Ernst. de Sajonia-Weimar fue designado para la regencia.
Como Johann Wilhelm vivió sólo quince años y no llegó a la edad adulta, nunca gobernó. Con su muerte, la línea de los duques de Sajonia-Jena se extinguió y el ducado se dividió entre Sajonia-Weimar y Sajonia-Eisenach .