El duque Juan Guillermo de Sajonia-Altenburgo (nacido el 13 de abril de 1600 en Torgau ; fallecido el 2 de diciembre de 1632 en las afueras de Brzeg ) fue miembro de la rama ernestina de la Casa de Wettin y duque titular de Sajonia-Altenburgo y de Jülich-Cléveris-Berg .
Johann Wilhelm fue el segundo hijo del duque Federico Guillermo I de Sajonia-Weimar (1562-1602) de su segundo matrimonio con Anna Maria (1575-1643), hija de Philipp Ludwig, conde palatino de Neuburg .
Tras la muerte de su padre, Juan Guillermo heredó el ducado de Sajonia-Altenburgo junto con sus hermanos Juan Felipe , Federico y Federico Guillermo II . Inicialmente, la tutela de los príncipes fue asumida por el Elector de Sajonia y su tío Juan II . Tras la muerte de Juan II en 1605, el Elector fue su único tutor.
Después de la Guerra de Sucesión de Jülich , los hermanos fueron investidos con Jülich, Cleves y Berg. Sin embargo, solo fueron duques nominalmente y llevaron el escudo de armas. En 1612, los hermanos fueron a la Universidad de Leipzig para completar su educación. En 1618, el hermano mayor, Johann Philipp, alcanzó la mayoría de edad y comenzó a gobernar de forma independiente. Los hermanos menores acordaron que él gobernaría solo, a cambio de una compensación financiera. Inicialmente, el acuerdo fue por un número limitado de años. Sin embargo, en 1624 se prorrogó indefinidamente. Johann Wilhelm realizó su Gran Viaje a Italia, Holanda, Francia, Inglaterra y Hungría junto con su hermano Federico Guillermo.
Durante la Guerra de los Treinta Años, Johann Wilhelm sirvió como coronel en el ejército sajón. En 1632, murió de fiebre en un campamento militar a las afueras de Brzeg . Fue enterrado en la iglesia de Santa Sofía de Dresde.