Johann Conrad Peyer (26 de diciembre de 1653 - 29 de febrero de 1712) fue un anatomista suizo nativo de Schaffhausen .
Estudió medicina en París con Guichard Joseph Duverney (1648-1730), en Montpellier con Raymond Vieussens (1635-1713) y recibió su título de médico en 1681 en Basilea . Más tarde, regresó a Schaffhausen para ejercer la medicina. Aquí, realizó investigaciones con Johann Jakob Wepfer (1620-1695) y el yerno de Wepfer, Johann Conrad Brunner (1653-1727).
en 1677 Peyer publicó Exercitatio anatomico-medica de glandulis intestinorum earumque usu et afectibus , en el que describe las placas de Peyer del mismo nombre . Estas estructuras anatómicas son nódulos linfáticos agregados que se encuentran en el revestimiento del intestino delgado . También fue autor de un influyente trabajo sobre medicina veterinaria titulado Merycologia sive de Ruminantibus et Ruminatione Commentariae .