El equipo de fútbol americano James Madison Dukes de 2016 representó a la Universidad James Madison durante la temporada de fútbol americano de la División I de la NCAA de 2016. Fueron dirigidos por el entrenador en jefe de primer año Mike Houston y jugaron sus partidos de local en el Bridgeforth Stadium y el Zane Showker Field . Fueron miembros de la Asociación Atlética Colonial (CAA). Terminaron la temporada con un récord general de 14-1 y una marca de 8-0 en la CAA para ganar el título de la conferencia. Recibieron la invitación automática a los playoffs de la FCS, donde derrotaron a New Hampshire , Sam Houston State y al cinco veces campeón defensor North Dakota State para avanzar al Juego del Campeonato Nacional, donde derrotaron a Youngstown State . Este fue su primer campeonato nacional desde 2004 .
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Fue este juego el que puso fin a la racha de NDSU de cinco títulos FCS consecutivos.