Isidoro Caja de la Jara (fallecido el 26 de mayo de 1593) fue un prelado católico que se desempeñó como obispo de Mondoñedo (1582-1593).
El 20 de diciembre de 1582, Isidoro Caja de la Jara fue seleccionado por el Rey de España y confirmado por el Papa Gregorio XIII como obispo de Mondoñedo . En 1583 fue consagrado obispo. Se desempeñó como obispo de Mondoñedo hasta su muerte el 26 de mayo de 1593.