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Iniciativa de estándares de proteómica

La Iniciativa de Estándares de Proteómica ( PSI ) es un grupo de trabajo de la Organización del Proteoma Humano . Su objetivo es definir estándares de datos para proteómica para facilitar la comparación , el intercambio y la verificación de datos . [1] [2]

La Iniciativa de Estándares de Proteómica se centra en los siguientes temas: la información mínima sobre un experimento de proteómica define los metadatos que deben proporcionarse junto con un experimento de proteómica. [3] un lenguaje de marcado de datos para codificar los datos y ontologías de metadatos para una anotación y representación consistentes.

Información mínima sobre un experimento de proteómica.

La información mínima sobre un experimento de proteómica ( MIAPE ) es un estándar de información mínima , creado por la Iniciativa de Estándares de Proteómica de la Organización del Proteoma Humano , para informar experimentos de proteómica. [4] No se pueden simplemente presentar los resultados de un análisis, sino que se pretende especificar toda la información necesaria para interpretar los resultados del experimento sin ambigüedades y potencialmente reproducir el experimento. [ cita necesaria ] Si bien las pautas de MIAPE definen el contenido requerido para los informes que cumplen, no especifican el formato en el que se deben presentar estos datos (que se deja en el formato *ML correspondiente, también definido por PSI [5] ), ni ¿Define cómo realizar experimentos? [6]

Grupos de trabajo

Varios grupos de trabajo trabajan en varios documentos que cubren las diferentes áreas de la proteómica : [7]

El grupo de trabajo de electroforesis en gel definió los requisitos de presentación de informes para los experimentos de electroforesis en gel. El documento se encuentra en la etapa de recomendación y ha sido publicado. [8] El formato de intercambio de datos correspondiente se llama GelML y a finales de 2007 se lanzó una versión estable. [9]

El grupo de trabajo de electroforesis en gel también se centra en el análisis de imágenes con la recomendación de informática de imágenes en gel que se encuentra actualmente en la fase de revisión pública, mientras que el formato de intercambio correspondiente es sólo un borrador (a abril de 2009). [9]

El grupo de trabajo de procesamiento de muestras define los requisitos relacionados con todos los pasos de preprocesamiento de muestras que se llevan a cabo antes de aplicar la electroforesis en gel o la espectrometría de masas . Dos documentos sobre cromatografía en columna y electroforesis capilar se encuentran en las primeras etapas de borrador y la preparación y manipulación de muestras aún es un proyecto (en abril de 2009). También se está desarrollando el formato de intercambio de datos (spML). [10]

Se han publicado documentos sobre espectrometría de masas [11] e informática de espectrometría de masas [12] como recomendaciones del grupo de trabajo de espectrometría de masas.

El grupo de trabajo ha lanzado varios formatos de intercambio de datos: el mzML, para la captura de datos generados por un espectrómetro de masas, que es una fusión del anterior mzData (desarrollado por PSI) y mzXML (desarrollado en el Seattle Proteome Center del Institute for Biologia de sistemas); mzIdentML, para análisis informáticos de espectros de masas que capturan los resultados de la identificación de proteínas y péptidos a partir de datos de espectrometría de masas; y TraML, para el archivo de entrada de monitoreo de reacción seleccionado . Finalmente, desarrollan MS CV , un vocabulario controlado para utilizar con los formatos de archivo anteriores. [13]

El grupo de trabajo de interacciones moleculares de PSI sólo trabaja en PSI MI XML , un formato de intercambio de datos, y en sus correspondientes ontologías. Han publicado las directrices MIMIx (información mínima sobre un experimento de interacción molecular)

También se están planificando o redactando recomendaciones sobre el diseño del estudio y la generación de muestras y el análisis estadístico de datos de MIAPE. [7]

Repositorios de proteómica que cumplen con los estándares

Existen varios repositorios de proteómica que cumplen con los estándares, lo que permite a los investigadores publicar sus datos y al mismo tiempo hacer cumplir las pautas de MIAPE. Por ejemplo: MIAPEGelDB [14] (para datos de electroforesis en gel), PRIDE [15] (para datos de espectrometría de masas) y herramienta ProteoRed MIAPE Generator [16] (para datos de electroforesis en gel y espectrometría de masas)

Se espera que los editores de revistas eventualmente soliciten a los autores que publiquen todos sus datos en dichos repositorios antes de la publicación [ cita requerida ] .

Iniciativas similares

Existen iniciativas similares que intentan definir requisitos mínimos. Para microarrays, la Sociedad MGED definió la información mínima sobre un experimento de microarrays (MIAME). [17] Los estándares para informar la precisión del diagnóstico (STARD) están disponibles para los estudios que informan la precisión del diagnóstico médico . [18]

Referencias

  1. ^ Taylor, CF; Hermjakob, H.; Julián, RK; Garavelli, JS; Aebersold, R .; Apweiler, R. (2006). "El trabajo de la Iniciativa de Estándares de Proteómica de la Organización del Proteoma Humano (HUPO PSI)". OMICS: una revista de biología integrativa . 10 (2): 145-151. doi :10.1089/omi.2006.10.145. PMID  16901219.
  2. ^ "Página de inicio de la Iniciativa de estándares de proteómica de HUPO". Iniciativa de estándares de proteómica de HUPO . Consultado el 6 de diciembre de 2008 .
  3. ^ Taylor, CF; Paton, noroeste ; Lilley, KS; Binz, Pensilvania; Julián Jr, RK; Jones, AR; Zhu, W.; Apweiler, R .; Aebersold, R.; Deutsch, EW; Dunn, MJ; Diablos, AJR; Leitner, A.; Macht, M.; Mann, M.; Martens, L.; Neubert, TA; Patterson, SD; Ping, P.; Seymour, SL; Souda, P.; Tsugita, A.; Vandekerckhove, J.; Vondriska, TM; Pata Blanca, JP; Wilkins, señor; Xenarios, I.; Yates Jr, JR; Hermjakob, H. (2007). "La información mínima sobre un experimento de proteómica (MIAPE)". Biotecnología de la Naturaleza . 25 (8): 887–893. doi : 10.1038/nbt1329 . PMID  17687369.
  4. ^ "Página de inicio de MIAPE". Iniciativa de estándares de proteómica de HUPO . Consultado el 13 de mayo de 2013 .
  5. ^ Hermjakob, H (2006). "La Iniciativa de Estándares de Proteómica de HUPO: Superar la fragmentación de los datos de proteómica". Proteómica Práctica . 6 (T2): 34–38. doi :10.1002/pmic.200600537. PMID  17031794. S2CID  20005411.
  6. ^ Taylor, Chris (2006). "Requisitos mínimos de informes para proteómica: una introducción a MIAPE". Proteómica Práctica . 6 (T2): 39–44. doi :10.1002/pmic.200600549. PMID  17031795. S2CID  8175511.
  7. ^ ab "Página de inicio de HUPO PSI". Iniciativa de estándares de proteómica de HUPO . Consultado el 13 de mayo de 2013 .
  8. ^ Gibson, franco; Leigh Anderson; György Babnigg; Marcos panadero; Matías Berth; Pierre-Alain Binz; Andy Borthwick; Phil efectivo; Día de Billy W; David B. Friedman; Donita Guirnalda; Howard B. Gutstein; Christine Hoogland; Neil A Jones; Alamgir Khan; Joaquín Klose; Angus I Lamond; Peter F. Lemkin; Kathryn S Lilley ; Jonathan Minden; Nicolás J. Morris; Norman W. Paton; Michael R. Pisano; John E primer; Thierry Rabilloud; David A. Stead; Chris F Taylor; Hans Voshol; Anil Wipat; Andrew R. Jones (2008). "Pautas para informar el uso de electroforesis en gel en proteómica". Nat. Biotecnología . 26 (8): 863–864. arXiv : 0904.0694 . doi :10.1038/nbt0808-863. ISSN  1087-0156. PMID  18688234. S2CID  1231720.
  9. ^ ab "Página del grupo de trabajo de electroforesis en gel MIAPE". Iniciativa de estándares de proteómica de HUPO . Consultado el 23 de abril de 2009 .
  10. ^ "Página del grupo de trabajo de procesamiento de muestras MIAPE". Iniciativa de estándares de proteómica de HUPO . Consultado el 23 de abril de 2009 .
  11. ^ Taylor, Chris F; Pierre-Alain Binz; Ruedi Aebersold; Michel Affolter; Robert Barkovich; Eric W. Deutsch; David M. Horn; Andreas Huhmer; Martín Kussmann; Kathryn Lilley; Marco Macht; Matías Mann; Dieter Müller; Thomas A. Neubert; Janice Nickson; Scott D. Patterson; Roberto Raso; Kathryn Resing; Sean L. Seymour; Akira Tsugita; Ioannis Xenários; Rong Zeng; Randall K. Julian (2008). "Pautas para informar el uso de espectrometría de masas en proteómica". Nat. Biotecnología . 26 (8): 860–861. doi :10.1038/nbt0808-860. ISSN  1087-0156. PMID  18688232. S2CID  205270031.
  12. ^ Binz, Pierre-Alain; Robert Barkovich; Ronald C Beavis; David Creasy; David M. Horn; Randall K. Julián; Sean L. Seymour; Chris F Taylor; Yves Vandenbrouck (2008). "Pautas para informar el uso de la informática de espectrometría de masas en proteómica". Nat. Biotecnología . 26 (8): 862. doi : 10.1038/nbt0808-862 . ISSN  1087-0156. PMID  18688233. S2CID  205270035.
  13. ^ "Página del grupo de trabajo de espectrometría de masas MIAPE". Iniciativa de estándares de proteómica de HUPO . Consultado el 23 de abril de 2009 .
  14. ^ "Página de inicio de MIAPEGelDB". ExPASy . Consultado el 7 de diciembre de 2008 .
  15. ^ "Página de inicio de la base de datos de PRIDE PRoteomics IDEntifications". Instituto Europeo de Bioinformática . Consultado el 7 de diciembre de 2008 .
  16. ^ "Herramienta generadora MIAPE". ProteoRed . Archivado desde el original el 15 de abril de 2013 . Consultado el 6 de marzo de 2009 .
  17. ^ Brazma, Alvis; Pascal Hingamp; John Quackenbush; Gavin Sherlock; Paul Spellman; Chris Stoeckert; Juan Aach; Guillermo Ansorge; Catalina A. Bola; Helen C. Causton; Terry Gaasterland; Patricio Glenisson; Frank CP Holstege; Irene F. Kim; Víctor Markowitz; Juan C. Matese; Helen Parkinson; Alan Robinson; Ugis Sarkans; Steffen Schulze-Kremer; Jason Stewart; Ronald Taylor; Jaak Vilo; Martín Vingrón (diciembre de 2001). "Información mínima sobre un experimento de microarrays (MIAME): hacia estándares para datos de microarrays". Nat Genet . 29 (4): 365–371. doi : 10.1038/ng1201-365 . ISSN  1061-4036. PMID  11726920.
  18. ^ Bossuyt, Patrick M.; Johannes B. Reitsma; David E. Bruns; Constantino A. Gatsonis; Paul P. Glasziou; Les M. Irwig; David Moher; Drummond Rennie; Henrica CW de Vet; Jeroen G. Lijmer (1 de enero de 2003). "La Declaración STARD para informes de estudios de precisión diagnóstica: explicación y elaboración". Clínica Química . 49 (1): 7–18. doi : 10.1373/49.1.7 . PMID  12507954.

enlaces externos