El equipo de fútbol americano Hawaii Rainbow Warriors de 1999 representó a la Universidad de Hawaii en Manoa en la temporada de fútbol americano de la División IA de la NCAA de 1999. Hawaii terminó la temporada de 1999 con un récord de 9–4, con un récord de 5–2 en la Conferencia Atlética del Oeste (WAC). Los Warriors coronaron la mejor recuperación de una temporada en la historia de la NCAA con una victoria en el Oahu Bowl después de tener un récord de 0–12 el año anterior. La nueva entrenadora principal June Jones llevó a los Warriors a su primer campeonato de conferencia y victoria en un bowl y aparición desde la temporada de 1992.