stringtranslate.com

Experimento HNCOCA

Esquema de un HNCA y un HNCOCA para cuatro residuos secuenciales. La dimensión del nitrógeno-15 es perpendicular a la pantalla. Cada ventana se centra en el desplazamiento químico del nitrógeno de ese aminoácido. La asignación secuencial se realiza haciendo coincidir los desplazamientos químicos del carbono alfa.

HNCOCA es un experimento de RMN de triple resonancia 3D comúnmente utilizado en el campo de la RMN de proteínas . El nombre deriva de la vía de transferencia de magnetización del experimento: la magnetización del protón de amida de un residuo de aminoácido se transfiere al nitrógeno de amida y luego al carbono alfa del residuo anterior en la secuencia de aminoácidos de la proteína. Por el contrario, el experimento complementario HNCA transfiere magnetización a los carbonos alfa tanto del residuo inicial como del residuo anterior de la secuencia. El experimento HNCOCA se utiliza, a menudo junto con HNCA, para asignar señales de resonancia de carbono alfa a residuos específicos de la proteína. Este experimento requiere una muestra purificada de proteína preparada con marcaje isotópico de 13 C y 15 N , en una concentración superior a 0,1 mM y, por lo tanto, generalmente sólo se aplica a proteínas recombinantes .

El espectro producido por este experimento tiene 3 dimensiones: un eje de protones, un eje de 15 N y un eje de 13 C. Para el residuo i, los picos aparecerán en {H N (i), N(i), C α (i-1)} únicamente, mientras que para el experimento HNCA complementario, los picos aparecerán en {H N (i), N(i), C α (i-1)} y {H N (i), N(i), C α (i)}. Juntos, estos dos experimentos revelan el desplazamiento químico del carbono alfa para cada residuo de aminoácido en una proteína y proporcionan información que vincula los residuos adyacentes en la secuencia de la proteína.

Referencias

Citas

Bax A, Ikura M (mayo de 1991). "Una técnica eficaz de RMN 3D para correlacionar las resonancias de protones y amida del esqueleto 15N con el carbono alfa del residuo anterior en proteínas uniformemente enriquecidas con 15N / 13C". J. Biomol. RMN . 1 (1): 99-104. doi :10.1007/BF01874573. PMID  1668719.

Referencias generales

John Cavanagh; Wayne J. Fairbrother; Arturo G. Palmer III; Nicolás J. Skelton (1995). Espectroscopia de RMN de proteínas: principios y práctica . Prensa académica .