Guillermo Luis de Anhalt-Köthen (3 de agosto de 1638, en Köthen - 13 de abril de 1665, en Köthen), fue un príncipe alemán de la Casa de Ascania y gobernante del principado de Anhalt-Köthen .
Era el segundo hijo de Luis I, príncipe de Anhalt-Köthen , pero segundo hijo de su segunda esposa, la condesa Sofía de Lippe , hija de Simón VI, conde de Lippe .
Guillermo Luis tenía sólo doce años cuando sucedió a su padre en Köthen en 1650. Durante su juventud, su tío, el príncipe Augusto de Anhalt-Plötzkau, actuó como regente. Después de la muerte de Augusto en 1653, sus hijos Lebrecht y Emmanuel asumieron la regencia hasta que William fue proclamado formalmente mayor de edad en 1659.
En Köthen , el 25 de agosto de 1663, William Louis se casó con Elisabeth Charlotte (n. Harzgerode , 11 de febrero de 1647 - m. Osterholm , 20 de enero de 1723), hija de su primo Federico, príncipe de Anhalt-Harzgerode , y nieta de Cristián I, príncipe de Anhalt. -Bernburgo . La unión no tuvo hijos.
A su muerte sin descendencia, la línea de Anhalt-Köthen se extinguió. Su principado fue heredado por sus primos y antiguos regentes, Lebrecht y Emmanuel de Anhalt-Plötzkau, quienes tomaron el nombre de Anhalt-Köthen como título principal de su familia. Su antiguo principado de Plötzkau fue entregado a Víctor Amadeo del principado de Anhalt-Bernburg , del que originalmente se extrajo.