El 25 de septiembre de 2003, Temsamani tuvo que dimitir porque había mentido sobre un diploma que había recibido.
El 12 de febrero de 2004, Jacques Simonet dimitió para convertirse en Ministro Presidente de Bruselas y fue sustituido por Didier Donfut (PS).
Composición tras las elecciones regionales de 2004
Las elecciones regionales de 2004 supusieron una reestructuración fundamental del gobierno federal, ya que varios ministros federales se incorporaron a los gobiernos regionales después de estas elecciones. El gobierno federal a partir de esta fecha suele denominarse Verhofstadt IIbis .
Reestructuraciones de 2004
Louis Michel fue nombrado Comisario Europeo y fue sustituido como Viceprimer Ministro por Didier Reynders y como Ministro de Asuntos Exteriores por Karel De Gucht (VLD).
Frank Vandenbroucke se incorporó al Gobierno flamenco y fue sustituido como ministro de Trabajo por Freya Van den Bossche, que se quedó con el Ministerio de Consumo. Bruno Tobback (SP.a) asumió el cargo de ministro de Medio Ambiente, sustituyendo a Freya Van den Bossche, y de Pensiones, a Vandenbroucke.
Fientje Moerman se incorporó al Gobierno flamenco y fue sustituida como ministra de Economía, Energía, Comercio Exterior e Investigación Científica por Marc Verwilghen, quien a su vez fue sucedido como ministro de Cooperación al Desarrollo por Armand De Decker (MR).
Bert Anciaux se incorporó al Gobierno flamenco y fue sucedido como ministro de Movilidad por Renaat Landuyt (SP.a).
Marie Arena se convirtió en ministra presidenta del gobierno de la Comunidad Francesa y fue reemplazada como ministra por Christian Dupont (PS)
Els Van Weert (Spirit) se convirtió en secretaria de estado de Desarrollo Sostenible
Gisèle Mandaila Malamba (MR) sustituyó a Isabelle Simonis como secretaria de Estado de Familia y Personas con Discapacidad
Reestructuraciones posteriores
El 15 de octubre de 2005, Johan Van de Lanotte dimitió para convertirse en presidente del SP.a. Fue sustituido como viceprimer ministro y ministro de Presupuesto por Freya Van den Bossche, que mantuvo el cargo de Consumo. Peter Vanvelthoven fue ascendido a ministro de Trabajo e Informatización y Bruno Tuybens (SP.a) pasó a ser secretario de Estado de Empresas Públicas.
Tras las elecciones generales de 2007, el Gobierno de Verhofstadt II funcionó como gobierno interino hasta diciembre de 2007. Durante ese período se produjeron las siguientes reestructuraciones:
El 15 de julio de 2007, Armand De Decker asumió la presidencia del Senado belga . Sabine Laruelle asumió su competencia (Cooperación al Desarrollo) y Hervé Jamar fue ascendido a ministro.
En julio de 2007, Rudy Demotte fue nombrado ministro presidente del Gobierno valón. Sus competencias fueron asumidas por Didier Donfut, que fue ascendido a ministro.
