Gemmatimonadota

Filo de bacterias

Los Gemmatimonadota son un filo de bacterias establecido en 2003. El filo contiene dos clases: Gemmatimonadetes y Longimicrobia.

Especies

La especie tipo Gemmatimonas aurantiaca cepa T-27 ^T fue aislada del lodo activado en un sistema de tratamiento de aguas residuales en 2003. ^[1] Es una bacteria Gram-negativa capaz de crecer tanto por respiración aeróbica como anaeróbica. ^[2]

La segunda especie cultivada fue Gemmatirosa kalamazoonensis gen. nov., sp. nov. cepa KBS708, que se aisló de un suelo agrícola gestionado orgánicamente en Michigan, EE. UU. ^{[3] .}

La tercera especie cultivada, Gemmatimonas phototrophica cepa AP64 ^T, fue aislada de un lago desértico de agua dulce poco profundo, Tiān é hú (Lago de los Cisnes), en el norte de China. ^[4] Una característica única de este organismo es la presencia de centros de reacción fotosintética bacteriana. Probablemente adquirió genes para la fotosíntesis anoxigénica a través de la transferencia horizontal de genes . G. phototrophica es un organismo fotoheterotrófico facultativo. Requiere el suministro de sustrato orgánico para el crecimiento, pero puede obtener energía adicional para su metabolismo de la luz. ^[5]

La cepa CB-286315T de Longimicrobium terrae se aisló de una muestra de suelo de un ecosistema forestal mediterráneo típico ubicado en Granada, España. Debido a esta gran distancia filogenética con respecto a otros Gemmatimonades cultivados, estableció una nueva clase denominada Longimicrobia. ^[6]

Distribución ambiental

Los datos de estudios independientes del cultivo indican que Gemmatimonadota está ampliamente distribuida en muchos hábitats naturales. Representan alrededor del 2% de las comunidades bacterianas del suelo y se han identificado como uno de los nueve filos principales que se encuentran en los suelos; sin embargo, actualmente solo hay seis aislados cultivados. ^[7] Gemmatimonadota se ha encontrado en una variedad de suelos áridos, como pastizales, praderas y suelos de pastizales, así como sedimentos de lagos eutróficos y suelos alpinos. Esta amplia gama de entornos donde se han encontrado Gemmatimonadota sugiere una adaptación a la baja humedad del suelo. ^[8] Un estudio realizado mostró que la distribución de Gemmatimonadota en el suelo tiende a depender más de la disponibilidad de humedad que de la agregación, lo que refuerza la creencia de que los miembros de este filo prefieren suelos más secos. ^[9] También se encontraron cantidades más pequeñas en varios entornos acuáticos, como aguas dulces y sedimentos, y en prados y tierras de cultivo ubicadas en ecosistemas boreales [1].

Filogenia

Taxonomía

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con relevancia en la nomenclatura (LSPN) ^[16] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica . ^[17]

• Filo Gemmatimonadota Zhang et al. 2003
  • Clase Gemmatimonadetes Zhang et al. 2003 ["Gemmatimonadia" Oren, Parte & Garrity 2016 ex Cavalier-Smith 2020 ]
    • Orden ?"Palaucibacterales" Aldeguer-Riquelme, Antón & Santos 2022 [PAUC43f]
    • Orden Gemmatimonadales Zhang et al. 2003
      • Familia Gemmatimonadaceae Zhang et al. 2003
        • Género Roseisolibacter Pascual et al. 2018
          • Especie R. agri Pascual et al. 2018
        • Género " Gemmatirosa " DeBruyn et al. 2013
          • Especies G. kalamazoonesis DeBruyn et al. 2013
        • Género Gemmatimonas Zhang et al. 2003em. Zeng et al. 2015
          • Especies G. aurantiaca Zhang et al. 2003em. Zeng et al. 2015
          • Especie " G. groenlandica " Zeng et al. 2020
          • Especie G. phototrophica Zeng et al. 2015
  • Clase Longimicrobia Pascual et al. 2016
    • Orden Longimicrobianos Pascual et al. 2016
      • Familia Longimicrobiaceae Pascual et al. 2016
        • Género Longimicrobium Pascual et al. 2016
          • Especie L. terrae Pascual et al. 2016

Véase también

• Lista de órdenes bacterianos
• Lista de géneros de bacterias

Referencias

1. Zhang H, Sekiguchi Y, Hanada S, Hugenholtz P, Kim H, Kamagata Y, Nakamura K (2003). "Gemmatimonas aurantiaca gen. nov., sp. nov., un microorganismo gramnegativo, aeróbico, acumulador de polifosfatos, el primer representante cultivado del nuevo filo bacteriano Gemmatimonadetes phyl. nov". Int J Syst Evol Microbiol . 53 (Parte 4): 1155–63. doi : 10.1099/ijs.0.02520-0 . PMID  12892144.
2. Takaichi, S; Maoka, T; Takasaki, K; Hanada, S (2009). "Carotenoides de Gemmatimonas aurantiaca (Gemmatimonadetes): identificación de un nuevo carotenoide, desoxioscilo 2-ramnósido y vía biosintética propuesta de oscilo 2,2′-dirhamnósido". Microbiología . 156 (3): 757–763. doi : 10.1099/mic.0.034249-0 . PMID  19959572.
3. DeBruyn JM; Fawaz MN; Pavo real, ANUNCIO; Dunlap JR; Nixon LT; Cooper KE; Radosevich M. (2013). "Gemmatirosa kalamazoonesis gen. nov., sp. nov., un miembro del filo bacteriano Gemmatimonadetes rara vez cultivado". J Gen Appl Microbiol . 59 (4): 305–312. doi : 10.2323/jgam.59.305 . PMID  24005180.
4. Zeng Y.; Selyanin V.; Lukeš M.; Decano J.; Caftán D.; Feng F.; Koblížek M. (2015). "Caracterización de la bacteria microaerófila que contiene bacterioclorofila a Gemmatimonas phototrophica sp. nov., y descripciones modificadas del género Gemmatimonas y Gemmatimonas aurantiaca". Int J Syst Evol Microbiol . 65 (8): 2410–2419. doi : 10.1099/ijs.0.000272 . PMID  25899503.
5. Zeng Y.; Feng F.; Medová H.; Dean J.; Koblížek M. (2014). "Centros de reacción fotosintética de tipo 2 funcionales encontrados en el raro filo bacteriano Gemmatimonadetes". Proc Natl Acad Sci USA . 111 (21): 7795–7800. Bibcode :2014PNAS..111.7795Z. doi : 10.1073/pnas.1400295111 . PMC 4040607 . PMID  24821787. 
6. Pascual J.; García-López M.; Bills GF; Genilloud O. (2016). "Longimicrobium terrae gen. nov., sp. nov., una nueva bacteria oligotrófica del filo Gemmatimonadetes, poco representado, aislada mediante un sistema de cámaras de difusión miniaturizadas". Int J Syst Evol Microbiol . 66 (5): 1976–1985. doi : 10.1099/ijsem.0.000974 . PMID  26873585.
7. Fawaz, Mariam (2013). "Revelando el papel ecológico de Gemmatimonadetes a través del cultivo y el análisis molecular de suelos agrícolas". Tesis de maestría, Universidad de Tennessee : vi.
8. DeBruyn, J; Nixon, L; Fawaz, M; Johnson, M; Radosevich, M (2011). "Biogeografía global y dinámica estacional cuantitativa de Gemmatimonadetes en el suelo". Appl. Environ. Microbiol . 77 (17): 6295–300. Código Bibliográfico : 2011ApEnM..77.6295D. doi : 10.1128/AEM.05005-11. PMC 3165389. PMID 21764958  . 
9. Fawaz, Mariam (2013). "Revelando el papel ecológico de Gemmatimonadetes a través del cultivo y el análisis molecular de suelos agrícolas". Tesis de maestría, Universidad de Tennessee : vi.
10. "El LTP" . Consultado el 23 de febrero de 2021 .
11. "Árbol LTP_all en formato newick" . Consultado el 23 de febrero de 2021 .
12. "Notas de la versión LTP_12_2021" (PDF) . Consultado el 23 de febrero de 2021 .
13. "GTDB release 08-RS214". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
14. "bac120_r214.sp_label". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
15. "Historia del taxón". Base de datos de taxonomía del genoma . Consultado el 10 de mayo de 2023 .
16. JP Euzéby. "Gemmatimonadetes". Lista de nombres procariotas con posición en la nomenclatura (LPSN) . Consultado el 20 de marzo de 2016 .
17. Sayers; et al. "Gemmatimonadetes". Base de datos de taxonomía del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) . Consultado el 20 de marzo de 2016 .

Enlaces externos

• Breve taxonomía
• Fawaz, MN (2013). Revelando el papel ecológico de Gemmatimonadetes a través del cultivo y el análisis molecular de suelos agrícolas. 44–60. Breve revisión del filo.