Frauwallner estudió filología clásica y sánscrito en Viena, donde fue posteriormente profesor de indología.
Sus principales líneas de trabajo fueron la lógica y epistemología budistas.
En 1938 Frauwallner ingresó en el Departamento de filosofía india y persa en el Instituto Oriental, cuyo director Bernhard Geiger, había sido forzado a renunciar por ser judío.
Frauwallner se convirtió en director en 1942.
[1] En 1945 perdió su empleo por su pertenencia al partido Nazi, en el que militaba desde 1932.