Francisco de Portugal , también conocido como Francisco II de Portugal, tercer conde de Vimioso (c. 1550 - 1582), fue el hijo mayor y heredero del segundo conde de Vimioso, Alfonso de Portugal (Alfonso de Portugal).
Fue uno de los pocos nobles portugueses de alto rango que apoyaron las reivindicaciones de António, prior de Crato , durante la Guerra de Sucesión portuguesa (1580-1583).
Como primer cargo oficial, fue nombrado embajador especial en Madrid (1574) para negociar el matrimonio del rey Sebastián de Portugal con la princesa Maximiliana de Baviera (hija del duque Alberto V de Baviera ), pero la misión fracasó.
Más tarde, en 1578, junto con su padre, participó en la cruzada real a Marruecos , y cayó prisionero de los ejércitos de Ahmad al-Mansur durante la batalla de Alcazarquivir . Consiguió pagar su rescate e incluso ayudó a otros a pagar el suyo. Regresó a Europa por Sanlúcar , en el sur de España, donde fue recibido con todos los honores por el duque de Medina Sidonia, Alonso de Guzmán . Como testificó de la muerte del rey durante la batalla, allí y por primera vez apoyó a Dom António, Prior de Crato como heredero natural del trono portugués, refutando la posición del duque español para las pretensiones de Felipe II de España .
Tras la muerte del rey Enrique (31 de enero de 1580), Francisco de Portugal fue uno de los pocos miembros de la alta aristocracia que apoyó activamente a Don Antonio como rey de Portugal. Fue nombrado por el nuevo rey su condestable y participaron juntos en la batalla de Alcántara (1580) , defendiendo Lisboa de los ejércitos españoles, liderados por el duque de Alba .
Con la victoria de Felipe, tanto el rey Antonio I como el conde de Vimioso huyeron al exilio, primero en Francia y después en Inglaterra.
En 1582 navegó, en la flota liderada por el aventurero italiano Filippo Strozzi, hacia las Azores , el único territorio portugués que aún reconocía a Antonio I como rey de Portugal. Murió el 29 de julio de 1582, justo después de la batalla naval de Vila Franca, frente a la isla de São Miguel .
Dom Francisco de Portugal nunca se casó y no tuvo descendencia. Le sucedió en su casa su hermano menor, Luis de Portugal, IV conde de Vimioso.