Francesco II d'Este (6 de marzo de 1660 - 6 de septiembre de 1694) fue duque de Módena y Reggio entre 1662 y 1694.
Nació en Módena , hijo de Alfonso IV de Este , duque de Módena, y Laura Martinozzi , sobrina del cardenal Mazarino . Su hermana, María de Módena , se casó con el futuro Jacobo II de Inglaterra en 1673 y se convirtió en reina de Inglaterra en 1685. Su hijo, y por tanto sobrino de Francesco, fue Jacobo, el viejo pretendiente , que luchó por recuperar el trono de Inglaterra durante la rebelión jacobita de 1715 .
Se convirtió en duque a la edad de dos años. Su madre, piadosa y rigurosa, ejerció de regente hasta 1674, ocupando los cargos estatales con clérigos bajo el consejo de su confesor jesuita, el padre Garimberti. Cuando ella se marchó para acompañar a la princesa a Inglaterra, Francesco asumió el poder a la edad de catorce años. Su carácter cambió radicalmente en la libre y desenfadada compañía de su primo, el príncipe Cesare Ignazio d'Este, y tras el regreso de ella, la duquesa viuda se retiró de la corte.
La política exterior de Francesco se vio afectada por las exigencias de Luis XIV , patrón de su hermana después de 1688, pero se resistió a los intentos franceses de interferir en los ducados. Se propuso una alianza franco-modenesa con Francesco y una princesa de la Casa de Lorena , Béatrice Hiéronyme , la hija mayor de François Marie, príncipe de Lillebonne . El matrimonio nunca se materializó y, en su lugar, se casó con Margherita Maria Farnese .
La pareja no tuvo hijos y cuando Francesco murió sin herederos en 1694 después de sólo dos años de matrimonio, fue sucedido por su medio tío, el cardenal Rinaldo d'Este , quien renunció a su carrera eclesiástica y al cardenalato para este propósito.
Aprendió a tocar el violín cuando era niño y la orquesta de la corte fue restaurada para él cuando tenía once años; uno de los músicos empleados allí era Giovanni Maria Bononcini . Francesco era un mecenas de la música generoso y perspicaz, y el compositor Arcangelo Corelli le dedicó sus sonatas en trío Op. 3 (Roma, 1689). Su biblioteca se ha mantenido prácticamente completa en la Biblioteca Estense, Módena.
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