Francisco Fernández de la Cueva, segundo duque de Alburquerque (en su totalidad, español : Don Francisco Fernández de la Cueva y Mendoza, segundo duque de Alburquerque, segundo conde de Ledesma, segundo conde de Huelma, señor de los estados de Cuéllar, Mombeltrán y Pedro Bernardo ) (25 de agosto de 1467 - 4 de junio de 1526) fue un noble español.
Era hijo de don Beltrán de la Cueva, I duque de Alburquerque , de su primera esposa doña Mencía Hurtado de Mendoza y Luna. Sirvió a los Reyes Católicos Isabel I de Castilla y Fernando V de Castilla en las Guerras de Granada junto con su padre.
Se casó antes de enero de 1485 con doña Francisca Álvarez de Toledo, hija de García Álvarez de Toledo, I duque de Alba y hermana de su primera madrastra, y entre otros dos hijos y otras dos hijas tuvo a la hija mayor, doña Mencía de la Cueva y Álvarez. de Toledo, que casó en segundas esposas con don Pedro Fajardo y Chacón Manrique de Lara, I Marqués de los Vélez .
Fue abuelo paterno del I Marqués de Cuéllar en 1562, don Francisco de la Cueva y Téllez-Girón, Álvarez de Toledo y de la Vega.