El formato de archivo XYZ es un formato de archivo químico . No existe un estándar formal y existen varias variaciones, pero un formato XYZ típico especifica la geometría de la molécula dando el número de átomos con coordenadas cartesianas que se leerán en la primera línea, un comentario en la segunda y las líneas de coordenadas atómicas en las siguientes líneas. [1] El formato de archivo se utiliza en programas de química computacional para importar y exportar geometrías. Las unidades generalmente están en ångströms . Algunas variaciones incluyen el uso de números atómicos en lugar de símbolos atómicos o la omisión de la línea de comentarios. Los archivos que utilizan el formato XYZ tienen convencionalmente la extensión .xyz .
El formato del archivo .xyz es el siguiente:
<número de átomos>línea de comentarios<elemento> <X> <Y> <Z>...
La información de conectividad en el formato de archivo XYZ está implícita, no explícita. Según la página principal de XYZ (parte de XMol),
Tenga en cuenta que el formato XYZ no contiene información de conectividad. Esta omisión intencional permite una mayor flexibilidad: para crear un archivo XYZ, no necesita saber dónde están los enlaces de una molécula; solo necesita saber dónde están sus átomos. La información de conectividad se genera automáticamente para los archivos XYZ a medida que se leen en aplicaciones relacionadas con XMol. En pocas palabras, si la distancia entre dos átomos es menor que la suma de sus radios covalentes, se consideran enlazados. [2]
La molécula de piridina se puede describir en el formato XYZ de la siguiente manera:
11C -0,180226841 0,360945118 -1,120304970C -0,180226841 1,559292118 -0,407860970C -0,180226841 1,503191118 0,986935030N -0,180226841 0,360945118 1,29018350C -0,180226841 -0,781300882 0,986935030C -0,180226841 -0,837401882 -0,407860970H -0,180226841 0,360945118 -2,206546970H -0,180226841 2,517950118 -0,917077970H-0,180226841 2,421289118 1,572099030H -0,180226841 -1,699398882 1,572099030H -0,180226841 -1,796059882 -0,917077970
La mayoría de los visualizadores de moléculas, como Jmol y VMD, pueden mostrar animaciones mediante archivos .xyz. El siguiente es un ejemplo de formato xyz para una instantánea sucesiva que se puede representar como una animación:
<número de átomos>línea de comentariossímbolo_del_átomo 11 coordenada_x 11 coordenada_y 11 coordenada_z 11 símbolo_del_átomo 12 coordenada_x 12 coordenada_y 12 coordenada_z 12...símbolo_átomo 1n coordenada x 1n coordenada y 1n coordenada z 1n<número de átomos>línea de comentariossímbolo_del_átomo 21 coordenada_x 21 coordenada_y 21 coordenada_z 21 símbolo_del_átomo 22 coordenada_x 22 coordenada_y 22 coordenada_z 22...atom_symbol 2n coordenada x 2n coordenada y 2n coordenada z 2n...<número de átomos>línea de comentariossímbolo_átomo m1 coord. x m1 coord. y m1 coord. z m1 símbolo_átomo m2 coord. x m2 coord. y m2 coord . z m2 ...
símbolo_átomo mn coord. x mn coord . y mn coord . z mn
Tenga en cuenta que el estándar xyz no requiere que el número o la naturaleza química de los átomos sean los mismos en las instantáneas posteriores, lo que permite que los átomos desaparezcan o entren en el campo de visión durante la animación.