La temporada 1998-99 de la NBL fue la 21.ª temporada de competición desde su creación en 1979. Un total de 11 equipos participaron en la liga. Esta temporada marcó la primera temporada de verano de la NBL. Los Townsville Suns pasaron a llamarse Townsville Crocodiles .
La temporada regular 1998-99 se desarrolló durante 23 rondas entre el 9 de octubre de 1998 y el 14 de marzo de 1999.
Actualizado a los partidos jugados el 14 de marzo de 1999. Fuente: NBL.com.au
El sistema de desempate de la NBL, tal como se describe en las Reglas y Regulaciones de la NBL, establece que en el caso de un récord idéntico de victorias y derrotas, los resultados de los juegos jugados entre los equipos determinarán el orden de clasificación.
1 Wollongong Hawks ganó cara a cara (2-0).
2 Brisbane Bullets ganaron cara a cara (2-1).
3 Townsville Crocodiles ganaron cara a cara (2-1).
4 Sydney Kings ganaron cara a cara (2-1).