Filipinas participó en los XX Juegos del Sudeste Asiático celebrados en Brunei del 7 al 15 de agosto de 1999.
Filipinas cayó al quinto lugar en el medallero general, su peor resultado desde que se unió a los Juegos del Sudeste Asiático en 1977. Los filipinos no pudieron ganar una medalla de oro en natación por primera vez, y regresaron con un solo oro en atletismo. Una cosecha de cuatro oros provino de Taekwondo y Billar. Los filipinos obtuvieron dos oros cada uno en boxeo, golf y tiro. El campeón mundial de billar Efren 'Bata' Reyes y el golfista Gerald Rosales fueron los únicos filipinos que obtuvieron doble medalla de oro en la edición de 1999 de los Juegos.
Los Manila Metrostars de la Asociación Metropolitana de Baloncesto (MBA) financiada por ABS-CBN representaron a Filipinas en su campaña de baloncesto. Los Nacionales obtuvieron su quinto oro consecutivo en baloncesto, derrotando a su principal rival, Tailandia, por 89-69.
El presidente del Comité Olímpico Filipino, Celso Dayrit, anunció un plan intensivo de desarrollo deportivo de élite de cuatro años que el POC llevará a cabo. [1]