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Familia 5 de las glicósidos hidrolasas

En biología molecular, la familia 5 de las glicósidos hidrolasas es una familia de glicósidos hidrolasas EC 3.2.1., que son un grupo muy extendido de enzimas que hidrolizan el enlace glicósido entre dos o más carbohidratos, o entre un carbohidrato y una fracción no carbohidrato. Un sistema de clasificación para las glicósidos hidrolasas, basado en la similitud de secuencias, ha llevado a la definición de más de 100 familias diferentes. [1] [2] [3] Esta clasificación está disponible en el sitio web de CAZy , [4] [5] y también se analiza en CAZypedia, una enciclopedia en línea de enzimas activas en carbohidratos. [6] [7]

La familia 5 de las hidrolasas de glicósido CAZY GH_5 comprende enzimas con varias actividades conocidas, entre ellas la endoglucanasa ( EC 3.2.1.4); beta-mananasa ( EC 3.2.1.78); exo-1,3-glucanasa ( EC 3.2.1.58); endo-1,6-glucanasa ( EC 3.2.1.75); xilanasa ( EC 3.2.1.8); endoglicoceramidasa ( EC 3.2.1.123); xantanasas. [8]

La degradación microbiana de la celulosa y los xilanos requiere varios tipos de enzimas. Los hongos y las bacterias producen un espectro de enzimas celulolíticas (celulasas) y xilanasas que, en función de las similitudes de secuencia, pueden clasificarse en familias. Una de estas familias se conoce como la familia de las celulasas A [9] o como la familia de las glicosil hidrolasas 5. [10] Una de las regiones conservadas de esta familia contiene un residuo de ácido glutámico conservado que está potencialmente involucrado [11] en el mecanismo catalítico.

En un estudio reciente que utilizó simulaciones de dinámica molecular , se ha demostrado una correlación considerable entre la estabilidad térmica y la rigidez estructural de los miembros de la familia 5 con estructuras resueltas. [12]

Enlaces externos

Referencias

  1. ^ Henrissat B, Callebaut I, Fabrega S, Lehn P, Mornon JP, Davies G (julio de 1995). "Maquinaria catalítica conservada y predicción de un plegamiento común para varias familias de glicosilhidrolasas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 92 (15): 7090–4. Bibcode :1995PNAS...92.7090H. doi : 10.1073/pnas.92.15.7090 . PMC  41477 . PMID  7624375.
  2. ^ Davies G, Henrissat B (septiembre de 1995). "Estructuras y mecanismos de las glicosilhidrolasas". Structure . 3 (9): 853–9. doi : 10.1016/S0969-2126(01)00220-9 . PMID  8535779.
  3. ^ Henrissat B, Bairoch A (junio de 1996). "Actualización de la clasificación basada en secuencias de las glicosilhidrolasas". The Biochemical Journal . 316 (Pt 2): 695–6. doi :10.1042/bj3160695. PMC 1217404 . PMID  8687420. 
  4. ^ "Inicio". CAZy.org . Consultado el 6 de marzo de 2018 .
  5. ^ Lombard V, Golaconda Ramulu H, Drula E, Coutinho PM, Henrissat B (enero de 2014). "La base de datos de enzimas activas en carbohidratos (CAZy) en 2013". Nucleic Acids Research . 42 (número de la base de datos): D490-5. doi :10.1093/nar/gkt1178. PMC 3965031 . PMID  24270786. 
  6. ^ "Glucósido hidrolasa familia 5". CAZypedia.org . Consultado el 6 de marzo de 2018 .
  7. ^ Consorcio CAZypedia (diciembre de 2018). «Diez años de CAZypedia: una enciclopedia viva de enzimas activas en carbohidratos» (PDF) . Glicobiología . 28 (1): 3–8. doi : 10.1093/glycob/cwx089 . hdl :21.11116/0000-0003-B7EB-6. PMID  29040563.
  8. ^ Ostrowski, Matthew P.; La Rosa, Sabina Leanti; Kunath, Benoit J.; Robertson, Andrew; Pereira, Gabriel; Hagen, Live H.; Varghese, Neha J.; Qiu, Ling; Yao, Tianming; Flint, Gabrielle; Li, James; McDonald, Sean P.; Buttner, Duna; Pudlo, Nicholas A.; Schnizlein, Matthew K.; Young, Vincent B.; Brumer, Harry; Schmidt, Thomas M.; Terrapon, Nicolas; Lombard, Vincent; Henrissat, Bernard; Hamaker, Bruce; Eloe-Fadrosh, Emiley A.; Tripathi, Ashootosh; Pope, Phillip B.; Martens, Eric C. (abril de 2022). "Perspectivas mecanicistas sobre el consumo del aditivo alimentario goma xantana por la microbiota intestinal humana". Nature Microbiology . 7 (4): 556–569. doi :10.1038/s41564-022-01093-0. hdl : 11250/3003739 . PMID:  35365790. S2CID  : 247866305.
  9. ^ Henrissat B, Claeyssens M, Tomme P, Lemesle L, Mornon JP (septiembre de 1989). "Familias de celulasas reveladas por análisis de grupos hidrofóbicos". Gene . 81 (1): 83–95. doi :10.1016/0378-1119(89)90339-9. PMID  2806912.
  10. ^ Henrissat B (diciembre de 1991). "Una clasificación de las glicosilhidrolasas basada en similitudes en la secuencia de aminoácidos". The Biochemical Journal . 280 (2): 309–16. doi :10.1042/bj2800309. PMC 1130547 . PMID  1747104. 
  11. ^ Py B, Bortoli-German I, Haiech J, Chippaux M, Barras F (febrero de 1991). "Celulasa EGZ de Erwinia chrysanthemi: organización estructural e importancia de los residuos His98 y Glu133 para la catálisis". Ingeniería de proteínas . 4 (3): 325–33. doi :10.1093/protein/4.3.325. PMID  1677466.
  12. ^ Badieyan S, Bevan DR, Zhang C (enero de 2012). "Estudio y diseño de la estabilidad en celulasas GH5". Biotecnología y bioingeniería . 109 (1): 31–44. doi :10.1002/bit.23280. PMID  21809329. S2CID  29281420.