El FIBA EuroChallenge 2008-09 fue la sexta edición del torneo FIBA EuroChallenge de baloncesto profesional masculino transnacional de tercer nivel de Europa , y el primero bajo el nombre de FIBA EuroChallenge, organizado por FIBA Europa . También fue la primera temporada en la que los equipos eliminados de la Copa ULEB se transferirían a una competencia FIBA después del conflicto de 2000 entre ULEB y FIBA. Además, la anteriormente conocida Copa ULEB pasaría a llamarse EuroCup a partir de 2008 en adelante.
En la fase regular participaron 32 equipos y compitieron 40 equipos en total, incluidas las rondas clasificatorias. Virtus Bologna ganó su primer título EuroChallenge tras derrotar a Cholet en la final de la Final Four, que se celebró en Bolonia .
En total participan 40 equipos de 21 países, además de dieciséis equipos de la primera ronda preliminar y la segunda ronda preliminar de la Eurocopa de Baloncesto 2008-2009 . La competición está organizada conjuntamente por FIBA Europa .
Las etiquetas entre paréntesis muestran cómo cada equipo clasificó para el lugar de su ronda inicial (TH: campeones;):
QR: Perdedores de las rondas clasificatorias
Treinta y dos equipos participarán en la primera ronda y dieciséis en la segunda.
*Debido a la situación de guerra en la Franja de Gaza, Olympia se negó a viajar a Israel y Hapoel Jerusalén fue declarado ganador por incomparecencia (20-0)
La Final Four será la última etapa del EuroChallenge 2008-09 y tendrá lugar en la Estación Futurshow de Bolonia .