Eugen Fraenkel (nacido el 28 de septiembre de 1853 en Neustadt i. OS, ahora Prudnik , Polonia ; fallecido en Hamburgo , Alemania , el 20 de diciembre de 1925) fue un bacteriólogo alemán.
Eugen Fraenkel trabajó como patólogo e investigador bacteriólogo en el hospital de Eppendorf ( Eppendorfer Krankenhaus ) donde descubrió el bacilo de la gangrena gaseosa ( Bacillus fraenkeli , más tarde rebautizado como Clostridium perfringens ). Sirvió en el ejército alemán durante la Primera Guerra Mundial .
Eugen Fraenkel estaba casado con Marie Fraenkel (de soltera Deutsch, 1861-1944) con quien tuvo tres hijos: Max Fraenkel (1882-1938), Hans Fraenkel (1888-1971) y Margarete Kuttner de soltera Fraenkel (1884-1944). Hans dejó Alemania para trabajar como economista y periodista en Suiza ; sus descendientes viven en Suiza e Italia . Max, un médico de Hamburgo, se suicidó bajo la presión de argucias antisemitas . Marie murió en el campo de concentración de Theresienstadt , y Margarete, que se había trasladado a Berlín , durante el último gaseamiento en el campo de concentración de Auschwitz-Birkenau en noviembre de 1944.