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Escaneo genómico de puntos de referencia de restricción

El escaneo genómico de puntos de restricción ( RLGS ) es un método de análisis del genoma para la visualización simultánea rápida de miles de puntos de referencia o sitios de restricción . Utilizando una combinación de enzimas de restricción , algunas de las cuales son específicas para modificaciones del ADN , la técnica se puede utilizar para visualizar diferencias en los niveles de metilación en el genoma de un organismo determinado. [1] RLGS emplea el etiquetado directo del ADN , que primero se corta con una serie específica de enzimas de restricción y luego se etiqueta con un isótopo radiactivo (generalmente fósforo-32 ). Luego se emplea un proceso de electroforesis bidimensional , que produce resultados de alta resolución. Luego se permite que el gel radiactivo de segunda dimensión exponga una gran lámina de película . La radiación producida por el etiquetado radiactivo hará que la película quede expuesta dondequiera que los fragmentos de restricción hayan migrado durante la electroforesis. Luego se revela la película, lo que produce una representación visual de los resultados en forma de autorradiografía . La misma combinación de enzimas de restricción producirá el mismo patrón de "manchas" a partir de muestras de los mismos organismos, pero patrones diferentes para diferentes tipos de organismos. Por ejemplo, el ADN humano y el de ratón producirán patrones claramente diferentes cuando se traten con la misma combinación de enzimas. Estas autorradiografías terminadas se pueden examinar unas contra otras, revelando cualquier cambio en la expresión genética que conduzca a diferencias visuales en la película. Cada autorradiografía contiene miles de manchas, cada una de las cuales corresponde a un punto de restricción de ADN marcado.

La RLGS resulta útil cuando se realizan exploraciones de todo el genoma y puede realizar eficazmente el trabajo de miles de reacciones en cadena de la polimerasa a la vez. Detecta fácilmente alteraciones que se desvían de lo normal y, por lo tanto, es excepcionalmente eficaz para identificar hiper/hipometilación en tumores , deleciones o amplificaciones de genes o simplemente cambios en la expresión genética a lo largo del desarrollo de un organismo.

Fuentes

Referencias

  1. ^ Costello, JF; Joseph F. Costello; Christoph Plass; Webster K. Cavenee (1 de marzo de 2002). "Escaneo genómico de puntos de referencia de restricción". Protocolos de metilación del ADN . Métodos en biología molecular. Vol. 200. págs. 53–70. doi :10.1385/1-59259-182-5:053. ISBN. 1-59259-182-5. Número de identificación personal  11951655.