Una enzima de corte raro es una enzima de restricción con una secuencia de reconocimiento que aparece solo en raras ocasiones en un genoma. Un ejemplo es NotI, que corta después del primer GC de una secuencia 5'-GCGGCCGC-3'; las enzimas de restricción con secuencias de reconocimiento de siete y ocho pares de bases también suelen denominarse enzimas de corte raro (las secuencias de reconocimiento de seis pares de bases son mucho más comunes).
Por ejemplo, las enzimas de corte raro con sitios de reconocimiento de 7 nucleótidos cortan una vez cada 4,7 pb (16.384 pb), y aquellas con sitios de reconocimiento de 8 nucleótidos cortan cada 4,8 pb (65.536 pb) respectivamente. Se utilizan en el mapeo de arriba hacia abajo para cortar un cromosoma en fragmentos de estos tamaños en promedio.
