La primera temporada liguera oficial del Crystal Palace FC comenzó en la División Dos de la Liga Sur , que estaba formada principalmente por equipos de reserva de otros clubes junto con Grays United , Leyton , Southern United y St. Leonard y fue exitosa.
El partido inaugural del Palace fue contra Southampton Reserves, y aproximadamente 3.000 personas pagaron 6 peniques por ponerse de pie o un chelín por sentarse. Palace lideraba 3-0 después de 30 minutos, antes de desvanecerse y perder 3-4. Sin embargo, esa fue la única derrota del club en la Liga en toda la temporada, y Crystal Palace ganó el campeonato y ascendió a la Primera División de la Liga Sur. La temporada incluyó una racha de 17 victorias consecutivas y una victoria por 9-1 sobre Grays United en Crystal Palace. La asistencia durante la temporada estuvo regularmente entre 2.000 y 3.000, aunque 4.000 vieron el empate 1-1 de la Copa FA contra Blackpool . [1] Palace también consiguió su victoria récord en esta temporada, un amistoso contra West Beckenham el 24 de febrero de 1906 que Palace ganó 17-2.
Como club nuevo, Crystal Palace tenía que clasificarse para entrar en la primera ronda propiamente dicha de la Copa FA . En la primera ronda de clasificación, el Palace empató en casa contra el Clapham. En el partido, Palace se impuso por 7-0 y William Watkins anotó el primer hat-trick de su historia . En la siguiente ronda, Palace superó a la 2.ª Guardia de Granaderos y empató contra el Chelsea en la tercera ronda de clasificación. El Chelsea en ese momento era un gran atractivo, contando con el famoso portero William Foulke . Lamentablemente, el Chelsea se vio obligado a cumplir un partido de Liga el mismo día y, persiguiendo el ascenso de la Segunda División de la Football League , decidió concentrarse en la liga. Alinearon un equipo de reserva contra el Palace, que acabó perdiendo 7-1, con Watkins anotando otro hat-trick. La facilidad de esta victoria hizo que la FA cambiara las reglas para garantizar que los clubes siempre presentaran a sus equipos más fuertes. Luego, Palace despachó a Luton Town en la cuarta y última ronda de clasificación para asegurar un lugar en el sorteo de la primera ronda. Aquí se emparejaron con Blackpool , y la eliminatoria finalmente se resolvió en una segunda repetición en el estadio neutral Villa Park después de que ambos equipos no lograron aprovechar la ventaja de jugar en casa.